Це команда hmmer, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS.
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
HMMER - профільні HMM для аналізу біологічної послідовності
СИНТАКСИС
hmmalign
Вирівняйте послідовності за профілем
hmmbuild
Побудувати профіль(и) із вирівнювання(ів) кількох послідовностей
hmmconvert
Конвертуйте файл профілю в різні формати HMMER і не HMMER
хммміміт
Зразки послідовностей з профілю
hmmfetch
Отримати профіль HMM(s) з файлу
hmmpgmd
Демон, що використовується для веб-сервера hmmer.org, для пошуку, подібного до phmmer, hmmsearch та hmmscan
hmmpress
Підготуйте базу даних HMM для hmmscan
hmmscan
Пошук послідовності білків у базі даних профілів білка
хм, пошук
Пошук білкових профілів у базі даних послідовності білків
хммсім
Зберіть розподіли балів профілю у випадкових послідовностях
хммстат
Зведена статистика для файлу профілю
Jackhmmer
Ітеративний пошук послідовності білка за базою даних послідовності білків
нхммер
Шукати нуклеотидну послідовність(и), вирівнювання(и) або профіль(и) щодо нуклеотидної послідовності
база даних
nhmmscan
Пошук нуклеотидної послідовності (послідовностей) у базі даних профілів нуклеотидів
phmmer
Пошук послідовності білків у базі даних послідовностей білків
ОПИС
HMMER — це набір з кількох програм для вирівнювання біологічної послідовності та бази даних
пошук гомології. Він використовує ймовірнісні моделі, які називаються «прихованими марковськими моделями профілю»
(профільні HMM) для представлення ймовірних еволюційних гомологів однієї послідовності або a
множинне вирівнювання сімейства послідовностей. Основним напрямком досліджень є вдосконалення
еволюційні прогнозні моделі в HMMER, щоб мати можливість розпізнавати та точно вирівнювати
все більш віддалені гомологи, віддалені в часі.
HMMER також використовується як організаційний інструмент для групування експоненціально зростаючого числа
біологічні послідовності на значно менший набір добре анотованих сімейств послідовностей. Новий
послідовності можуть бути анотовані шляхом порівняння з підпорядкованими базами даних сімейства послідовностей
попередньо створені профілі HMMER, на додаток або замість порівняння до всієї послідовності
бази даних. Такі бази даних, як Pfam, SMART і TIGRfams, серед інших, засновані на цьому
принцип.
HMMER використовується в трьох основних режимах: для пошуку в базі даних послідовностей нових гомологів a
послідовність або сімейство послідовностей; для пошуку в базі даних профілів (наприклад, Pfam), щоб знайти те, що відомо
сімейство, до якого належить послідовність запитів, або які домени вона має; і автоматично створювати
великі множинні вирівнювання (тобто з фактично необмеженою кількістю послідовностей) за допомогою a
профільний представник сімейства послідовностей.
Припустимо, що у вас є множинне вирівнювання послідовностей сімейства послідовностей, що цікавить вас
хочете шукати в базі даних послідовностей додаткові гомологи. The hmmbuild збірки програми
профілю(ів) із кількох вирівнювань(ів). The хм, пошук програма шукає білковий профіль(и)
у базі даних послідовності білків, і нхммер шукає профіль(и) нуклеотидів щодо a
база даних нуклеотидної послідовності.
Припустимо, у вас є одна послідовність, яка вас цікавить, і ви хочете шукати в базі даних послідовностей
для додаткових гомологів. The phmmer програма шукає одну послідовність білка проти a
база даних послідовності білків. The Jackhmmer програма робить те ж саме, але ітераційно --
гомологи, виявлені в попередньому раунді, включаються в новий профіль і новий
профіль знову шукається. phmmer використовується як BLASTP і Jackhmmer використовується як а
білок PSI-BLAST. The нхммер програма шукає одну нуклеотидну послідовність проти a
нуклеотидна послідовність.
Припустимо, у вас є послідовність(и), яку потрібно проаналізувати за допомогою профілю HMM на основі HMMER
база даних, як Pfam (http://pfam.sanger.ac.uk). hmmpress програма форматує профіль HMM
flatfile (наприклад, файл, який ви завантажуєте з Pfam) у двійкову базу даних HMMER.
Команда hmmscan програма шукає послідовності білків у цій базі даних. The nhmmscan
програма може аналогічним чином шукати нуклеотидну послідовність(и) у натиснутій базі даних
нуклеотидні профілі, наприклад з Dfam (http://dfam.janelia.org).
Припустимо, ви хочете вирівняти багато послідовностей. Ви можете побудувати керовано невеликий
вирівнювання репрезентативного набору послідовностей, побудувати профіль с hmmbuild, і використовуйте
hmmalign програма для вирівнювання будь-якої кількості послідовностей за цим профілем.
HMMER також включає деякі допоміжні інструменти для роботи з великими базами даних профілів.
hmmfetch отримує один або кілька профілів з бази даних. хммстат друкує підсумкову статистику
про файл профілю.
Для сумісності з іншим програмним забезпеченням профілю та попередніми версіями HMMER,
hmmconvert програма конвертує профілі в кілька інших форматів. Ми маємо намір додати більше підтримки
для інших форматів з часом.
Команда хммміміт програма генерує (моделює) «гомологічні» послідовності шляхом вибірки з a
профіль. Він також може генерувати послідовність «консенсусу».
Команда хммсім Програма є симулятором, який використовується для збору статистики про розподіл балів
на випадкових послідовностях.
Кожна програма має власну сторінку керівництва.
Використовуйте hmmer онлайн за допомогою служб onworks.net