libscane - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

libscan - діагностичний пошук сімейств білків.

СИНТАКСИС

libscan -моде список - гриф boolean -геник boolean -хм boolean -Сем boolean -pssm boolean
-підпис boolean -хммпат рядок -hmmextn рядок -hmmoutpath рядок -hmmoutextn рядок
-сампат рядок -samextn рядок -самохідний шлях рядок -samoutextn рядок
-pssmpath рядок -pssmextn рядок - селітра ціле -молотити плавати - maxhit ціле
-pssmoutpath рядок -pssmoutextn рядок -gbvpath рядок -gbvextn рядок
-гбвгапо плавати -gbvgape плавати -gbvoutpath рядок -gbvoutextn рядок
-hnfpath рядок -hnfextn рядок -hnfgapo плавати -hnfgape плавати -hnfoutpath рядок
-hnfoutextn рядок -сигнатний шлях рядок -sigextn рядок -термін список -суб matrixf
-сиггапо плавати - сіггап плавати -сигоутний шлях рядок -sigoutextn рядок -дб seqset
-scopf infile

libscan -допомога

ОПИС

libscan — це програма командного рядка від EMBOSS («Європейська молекулярна біологія Open
Пакет програмного забезпечення»). Він є частиною командної групи (груп) "Білок: 3D-структура".

ВАРІАНТИ

-моде список
libscan працює в одному з двох режимів: (i) режим пошуку бази даних або (ii) бібліотека
екранний режим. У режимі пошуку бази даних libscan читає один або кілька каталогів кожен
що містять один тип елемента розрізнення, дозволені типи є розрідженими
підпис послідовності, профіль Грибскова, профіль Генікоффа або прихована модель Маркова. в
режим екрана бібліотеки, libscan зчитує набір послідовностей, відображає кожну послідовність проти
бібліотека (каталоги елементів дискримінації) і записує файл сканування бібліотеки (оф
сім'ї з найкращими результатами) для кожної з них. Значення за замовчуванням: 2

- гриф boolean
Значення за замовчуванням: N

-геник boolean
Значення за замовчуванням: N

-хм boolean
Значення за замовчуванням: N

-Сем boolean
Значення за замовчуванням: N

-pssm boolean
Значення за замовчуванням: Y

-підпис boolean
Значення за замовчуванням: N

-хммпат рядок
Значення за замовчуванням: ./lib/

-hmmextn рядок
Значення за замовчуванням: .hmm

-hmmoutpath рядок
Значення за замовчуванням: ./

-hmmoutextn рядок
Значення за замовчуванням: .hmmout

-сампат рядок
Значення за замовчуванням: ./

-samextn рядок
Значення за замовчуванням: .mod

-самохідний шлях рядок
Значення за замовчуванням: ./

-samoutextn рядок
Значення за замовчуванням: .samout

-pssmpath рядок
Значення за замовчуванням: /data/structure/lib/pssm/

-pssmextn рядок
Значення за замовчуванням: .chk

- селітра ціле
Значення за замовчуванням: 1

-молотити плавати
Значення за замовчуванням: 100

- maxhit ціле
Значення за замовчуванням: 1000

-pssmoutpath рядок
Значення за замовчуванням: ./

-pssmoutextn рядок
Значення за замовчуванням: .pssmout

-gbvpath рядок
Значення за замовчуванням: ./

-gbvextn рядок
Значення за замовчуванням: .grib

-гбвгапо плавати
Значення за замовчуванням: 10.0

-gbvgape плавати
Значення за замовчуванням: 0.5

-gbvoutpath рядок
Значення за замовчуванням: ./

-gbvoutextn рядок
Значення за замовчуванням: .gribout

-hnfpath рядок
Значення за замовчуванням: ./

-hnfextn рядок
Значення за замовчуванням: .henik

-hnfgapo плавати
Значення за замовчуванням: 10.0

-hnfgape плавати
Значення за замовчуванням: 0.5

-hnfoutpath рядок
Значення за замовчуванням: ./

-hnfoutextn рядок
Значення за замовчуванням: .henikout

-сигнатний шлях рядок
Значення за замовчуванням: ./

-sigextn рядок
Значення за замовчуванням: .sig

-термін список
Значення за замовчуванням: 1

-суб matrixf
Значення за замовчуванням: EBLOSUM62

-сиггапо плавати
Значення за замовчуванням: 10.0

- сіггап плавати
Значення за замовчуванням: 0.5

-сигоутний шлях рядок
Значення за замовчуванням: ./

-sigoutextn рядок
Значення за замовчуванням: .sigout

-дб seqset
У режимі пошуку в базі даних libscan сканує кожен розрізняючий елемент щодо послідовності
набір. У режимі екрана бібліотеки libscan зчитує набір послідовностей і переглядає кожну послідовність
проти бібліотеки (каталогів розрізняючих елементів) Значення за замовчуванням: 49142.vdhf

-scopf infile
У будь-якому режимі як джерело сімейства потрібен «файл класифікації scop».
класифікаційні дані. Файл класифікації scop містить класифікацію та інші дані
для доменів з бази даних scop. Файл у форматі, схожому на embl, і створюється
за scopparse. Інформацію про послідовність домену можна додати до файлу за допомогою scopseqs.
Значення за замовчуванням: /data/structure/dcf/scop_raw.dcf

Використовуйте libscane онлайн за допомогою служб onworks.net