Це команда maqview, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS.
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
Maqview - індексатор і переглядач вирівнювання Maq
СИНТАКСИС
maqindex -i|-v|-b [-c in.cns] in.map [хр[:старт[-кінець]] [...]]
maqview [-c in.cns] in.map
ОПИС
Маквью це набір програм, що забезпечує швидкий випадковий доступ до файлу вирівнювання
створений `мак map', і відображає вирівнювання за допомогою гарного графічного інтерфейсу (Graphical User
Інтерфейс). Він високоефективний щодо швидкості, використання пам’яті та диска. Маквью заснований на
OpenGL і, як відомо, працює як на Mac OS X, так і на Linux. Перенесення на Windows в принципі
легко.
maqindex
maqindex -i|-v|-b [-c in.cns] in.map [хр[:старт[-кінець]] [...]]
-i Проіндексуйте файл вирівнювання
-v Надрукуйте вирівнювання у вказаній області у форматі `maq mapview'
-b Дамп вирівнювання у вказаній області у двійковому форматі .map
-c Фото Проіндексуйте файл консенсусу Maq для одночасного перегляду в maqview
програма maqindex індексує файл вирівнювання maq in.map або швидко отримує всі зчитування
один або кілька регіонів. Один з -i, -v та -b необхідно використовувати. Для -v or -b, принаймні один
необхідно вказати регіон, наприклад `chrX', `chrX:1000' або `chrX:1,000-2,000'. Кілька регіонів
дозволені.
maqview
maqview [-c in.cns] in.map
-c Фото Файл консенсусу Maq
програма maqview відображає прочитане вирівнювання у графічному вікні. Коли in.cns is
зазначено, верхня послідовність є посиланням, за якою слід консенсусна послідовність Maq;
інакше буде розраховано консенсус за правилами більшості.
Maqview має два режими перегляду: подання послідовності та вікно. У режимі перегляду послідовності читайте послідовності
буде надруковано на екрані. Темніші основи вказують на нижчі базові якості, а червоні
показати відмінності в порівнянні з довідковим if in.cns вказано або до
консенсус більшості, якщо ні. У квадратному вигляді представлені різні типи нуклеотидів
представлено у вигляді кольорових коробок із зеленим для A, блакитним для C, оранжевим для G, червоним для T і темним
сірий для N. Насиченість кольорів вказує на основні якості та лінії товщини
of reads показує якості відображення читаних вирівнювань. Підтримується лише збільшення/зменшення масштабу
у вигляді коробки. В обох режимах перегляду рядок стану внизу вікна відображатиметься
інформацію про натискання клавіш, а також читання назв і базових якостей, наведених мишею.
Навігація по вирівнюванню здійснюється за допомогою різних прив'язок клавіш.
· Прив'язки клавіш:
? Відобразити довідку
Вихід
Перегляд послідовності
Вид коробки
p Перейдіть до попередньої контрольної послідовності
n Перейдіть до наступної контрольної послідовності
r Оновити
Перемістіться в позицію, на яку вказує
год / Переміщення вліво на одну базу
л / Рухайтеся вправо на одну базу
k / Перемістіться на один рядок вгору
j / Переміщення на один рядок вниз
> Перейти до наступного читання
< Перейти до попереднього прочитаного
г / Перейти до початку поточного посилання
G / Перейти до кінця поточного посилання
u / Переміщення на одну сторінку вліво
/ Перемістіться на одну сторінку вправо
Переміщення на 100 баз
Переміщення на 1000 баз
+ Додати новий вигляд
- Видалити поточний вигляд
Увімкнути/вимкнути автоматичне прокручування праворуч
^b Увімкнути/вимкнути автоматичне прокручування ліворуч
+ Збільшити масштаб
- Зменшення
0 Збільште масштаб до стандартного масштабу
q Показати/приховати якості відображення
e Перемикання відображення якості відображення SE/PE
o Відкрийте новий файл вирівнювання
· Введіть ціле число, а потім натисніть стрибнути в потрібне положення.
· Введіть ціле число, а потім натисніть іншу клавішу щоб прискорити прокрутку за допомогою
зазначений фактор.
· Клацніть лівою кнопкою миші та перетягніть жовтий хрестик у квадраті, щоб переміщатися по послідовності. Правильно
клацніть посилання, щоб виділити стовпець.
Використовуйте maqview онлайн за допомогою служб onworks.net