мініазм - онлайн в хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

miniasm - асемблер de novo для довгих послідовностей читання

СИНТАКСИС

мініазм [-b12V] [-m minMatch] [-i minIden] [-s minSpan] [-c minCov] [-o minOvlp] [-h
maxHang] [-I intThres] [-g maxGapDiff] [-d maxBubDist] [-e minUtgSize] [-f readFile] [-n
nРаундів] [-r dropRatio] [-F finalDropRatio] [-p вихідна інформація] відображення.paf > output.gfa

ОПИС

Miniasm — це дуже швидкий ассемблер de novo на основі OLC для довгого шумного читання. Потрібно все проти-
всі зчитують самовідображення у форматі PAF як вхідні дані та виводять графік складання в GFA
формат. На відміну від звичайних асемблерів, мініазм не має кроку консенсусу. Це
просто об'єднує фрагменти зчитованих послідовностей, щоб генерувати остаточні послідовності уніціга. Таким чином
коефіцієнт помилок на базу подібний до вихідних зчитування.

ВАРІАНТИ

Попередній відбір опції
-m INT Перекинь відображення, що мають менше ніж INT відповідні основи (col10 в PAF) [100]. Це
опція має ту ж роль, що і -L міні-карти.

-s INT Перекинь відображення коротше ніж INT-bp [1000]. Цей варіант також впливає на другий
раунд фільтрації читання та мінімальна довжина перекриття.

-i ПЛОС Під час фільтрації читання ігноруйте зіставлення зі стовпцями 10/11 нижче ПЛОС [0.05].
Ігноровані зіставлення все ще використовуються для перекриття читання.

-c INT Мінімальне охоплення іншими читаннями [3]. У першому раунді фільтрації мініазм
знаходить найдовшу область, яку охоплює INT чи більше читань. У другому турі це
крім того, вимагає покриття кожної бази, що залишилася INT принаймні бази
minSpan/2 з кінців інших читань.

Перекриття опції
-o INT Мінімальна довжина перекриття [те саме minSpan]

-h INT Максимальна довжина звису [1000]. Навис — це невідображена область, яка повинна бути
відображено з урахуванням справжнього перекриття або справжнього утримання. Якщо звис занадто довгий,
відображення вважається внутрішнім збігом і буде ігноруватися.

-I ПЛОС Мінімальне відношення довжини відображення до відображення + довжини виступу для відображення
вважається стримуванням або перекриттям [0.8]. Цей варіант виконує аналогічну роль
-h, за винятком того, що він контролює співвідношення, а не довжину.

Графік розташування опції
-g INT Максимальні розриви між двома зчитуваннями у відображенні [1000]. Цей параметр є
використовується лише для транзитивного скорочення.

-d INT Максимальна відстань зондування для вибухання бульбашок [50000]. Бульбашки довше ніж INT
не вискочить.

-e INT Одиниця вважається малою, якщо вона складається з менше ніж INT читає [4].
Мініазм може намагатися усунути дрібні одиниці на різних етапах.

-f Фото Читайте файл послідовності у форматі FASTA або FASTQ для генерування послідовностей унітига
[нуль]. Якщо ця опція відсутня, мініазм створює вихід GFA без
послідовності.

-r FLOAT1, [FLOAT2]
Максимальний і мінімальний коефіцієнт перекриття [0.7,0.5]. Нехай overlap(v->w) буде перекриттям
довжина ребра v->w і maxovlp(v)=max_w{overlap(v->w)} – довжина найбільшого
перекриття. Мініазм зменшує перекриття v->w, якщо overlap(v->w)/maxovlp(v) нижче a
порогове значення, яке контролюється цією опцією. Застосовується мініазм nРаундів раундів коротких
видалення перекриття зі збільшенням порога між FLOAT1 та FLOAT2.

-n INT Раунди видалення короткого перекриття [3].

-F ПЛОС Порогове значення коефіцієнта перекриття після короткого видалення одиниці [0.8]

Різне опції
-b Вкажіть, що у вхідних даних те саме відображення, ймовірно, буде подано двічі

-1 Пропустіть перший раунд вибору читання перед збіркою

-2 Пропустіть другий раунд вибору читання перед збіркою

-p STR Вивести інформацію та формат [ug]. Можливий STR значення включають - ліжко: пост-
відфільтровані області читання у форматі BED; СУП: зіставлення між постфільтрованими
читає; sg: читання графіка перекриття у форматі GFA; ug: єдиний графік в GFA
Формат.

-V Роздрукувати номер версії в стандартний виведення

ВХІД ФОРМАТ

Мініазм зчитує позиції відображення у форматі парного відображення (PAF), який є TAB-
текстовий формат із роздільниками, у якому кожен рядок складається щонайменше з 12 полів, як описано в
наступну таблицю:

┌────┬────────┬─────────────────────────────────── ───────────────────────────┐
│Col │ тип │ Опис │
├────┼────────┼────────────────────────────────── ───────────────────────────┤
│ 1 │ рядок │ Назва послідовності запиту │
│ 2 │ int │ Довжина послідовності запиту │
│ 3 │ int │ Початкова координата запиту (на основі 0) │
│ 4 │ int │ Кінцева координата запиту (на основі 0) │
│ 5 │ char │ `+', якщо запит і ціль на одному рядку; `-', якщо навпаки │
│ 6 │ рядок │ Назва цільової послідовності │
│ 7 │ int │ Довжина цільової послідовності │
│ 8 │ int │ Початкова координата цілі на вихідній нитці │
│ 9 │ int │ Кінцева координата цілі на вихідній нитці │
│ 10 │ int │ Кількість відповідних основ у відображенні │
│ 11 │ int │ Основи чисел, включаючи пропуски, у відображенні │
│ 12 │ int │ Якість відображення (0-255 з 255 для відсутніх) │
└────┴────────┴─────────────────────────────────── ───────────────────────────┘

Див міні-карта(1) для детального опису кожного поля.

ВИХІД ФОРМАТ

Miniasm виводить збірку у форматі Graphical Fragment Assembly (GFA). Це
Формат із роздільниками TAB на основі рядка, початкова літера вказує на тип рядка.
У наступній таблиці наведено типи ліній, які використовуються мініазмом:

┌─────┬─────────────┬──────────────────────────── ─────────────────────────┐
│Лінія │ коментар │ Виправлено поля │
├─────┼─────────────┼──────────────────────────── ────────────────────────┤
│ H │ Заголовок │ Н/Д │
│ S │ Сегмент │ SegName segSeq │
│ L │ Перекриття │ segName1 segOri1 segName2 segOri2 ovlpCIGAR │
│ a │ Золотий шлях │ utgName utgStart readName:початок-кінець readOri довжина │
└─────┴─────────────┴──────────────────────────── ────────────────────────┘

Використовуйте мініазм онлайн за допомогою служб onworks.net