Це команда pbdagcon, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн емулятор Windows або онлайн емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
pbdagcon - консенсус послідовності з використанням орієнтованих ациклічних графів
ОПИС
pbdagcon це інструмент, який реалізує DAGCon (консенсус спрямованого ациклічного графіка), який є a
Алгоритм консенсусу послідовності, заснований на використанні орієнтованих ациклічних графів для кодування множин
вирівнювання послідовності.
Він використовує інформацію про вирівнювання з blasr(1) щоб вирівняти послідовність читання до "хребетної системи"
послідовність. На основі базового орієнтованого ациклічного графа вирівнювання (DAG) він зможе
використовувати нову інформацію з читань, щоб знайти розбіжності між читаннями і
«хребетні» послідовності. Потім до DAG застосовується процес динамічного програмування
знайти оптимальну послідовність підстав як консенсус. Новий консенсус можна використовувати як а
нова магістральна послідовність для ітераційного покращення якості консенсусу.
Хоча код розроблено для обробки необроблених даних послідовності PacBio(TM), алгоритм може
використовуватися для загального консенсусу. Наразі він вимагає лише введення FASTA. Для коротше
читання послідовностей, можливо, знадобиться налаштувати blasr(1) параметри вирівнювання, щоб отримати
рядок вирівнювання належним чином.
Код і базова графічна структура даних були використані для деякого алгоритму
розробка прототипу, включаючи поетапне читання, попередню збірку та обхід
отримати консенсус із проміжних результатів Celera Assembler.
ВАРІАНТИ
Короткий опис параметрів доступний у меню довідки програми.
--допомога Показати підсумок варіантів.
Використовуйте pbdagcon онлайн за допомогою служб onworks.net