Це команда vcf-subset, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
vcf-subset - створити підмножину файлу VCF
СИНТАКСИС
vcf-підмножина [ВАРІАНТИ] in.vcf.gz > out.vcf
ВАРІАНТИ
-c, --стовпці
Файл або список стовпців, розділених комами, які потрібно зберегти у файлі vcf. Якщо файл, один
стовпець на рядок
-e, --exclude-ref
Виключити рядки, які не містять варіантів.
-p, --приватний
Друкуйте лише рядки, де лише стовпці підмножини містять альтернативний алель.
-r, --замінити-по-посиланням
Замініть виключені типи на опорний алель замість крапки.
-t, --тип
Розділений комами список типів варіантів, які включають: SNP, indels.
-u, --залишитися без виклику
Не виключайте рядки без викликів.
-h, -?, --допомога
Це довідкове повідомлення.
ПРИКЛАДИ
cat in.vcf | vcf-підмножина -r -t індели -e -c SAMPLE1 > out.vcf
Використовуйте vcf-subset онлайн за допомогою служб onworks.net