Це програма для Linux під назвою Calis-p для роботи в Linux онлайн, останню версію якої можна завантажити як calis-p-0.1.zip. Його можна запустити в режимі онлайн за допомогою безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою Calis-p, щоб безкоштовно запускати в Linux онлайн з OnWorks.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
ЕКРАНИ
Ad
Calis-p для запуску в Linux онлайн
ОПИС
Calis-p (підхід CALgary до ізотопів у протеоміці) — це пакет програм для безпосереднього вилучення відбитків стабільних ізотопів вуглецю (SIF) окремих видів у мікробному співтоваристві з метапротеомного набору даних. В якості вхідних даних він приймає таблиці збігу пептидного спектру (PSM) для зразків і калібрувального матеріалу, а також необроблені дані MS у форматі mzML. На першому кроці програмне забезпечення знаходить ізотопні піки для кожного PSM та підсумовує їх інтенсивність у визначеному періоді часу утримання. Ідентифіковані ізотопні моделі (пари значень m/z + підсумована інтенсивність) разом із формулою суми ідентифікованих пептидів повідомляються та використовуються як вхідні дані для другого кроку Calis-p для обчислення значень delta13C для всіх пептидів, які проходять набір. фільтрів, а також середні значення delta13C і стандартні помилки для кожного виду. Значення дельта13C видів необхідно скорегувати для інструментального фракціонування ізотопів, застосовуючи зміщення, визначене за допомогою еталонного матеріалу.Функції
- Дані SIF безпосередньо витягуються зі стандартного метапротеомного набору даних
- Ефективно та надійно отримувати значення SIF для великої кількості видів у зразку мікробної спільноти високопродуктивним способом.
Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/calis-p/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.
