Це програма для Linux під назвою MyOrfeome, останню версію якої можна завантажити як myorfeome-v2.1.tar.gz. Його можна запустити в режимі онлайн за допомогою безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою MyOrfeome з OnWorks безкоштовно.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
MyOrfeome
Ad
ОПИС
Біоінформаційні інструменти для аналізу орфеоми за допомогою перекладених ORF і порівняння кожного ORF з наданим Orfeome/Proteome. Наш скрипт використовує NCBI BLAST, що запускається локально, і MySQL як основні двигуни по-новому і цікаво.
Він розроблений спеціально для геномів Poxvirus і надає номенклатуру VACV-COP та групи ортологів коров’ячої віспи для кожної ORF. Статистика BLAST генерується в порівнянні з наданим вами Proteome. Його можна легко адаптувати до інших геномів.
Функції
- Версія 2.1: Перевірте наявність NCBI BLAST десь на шляху перед запуском.
- ____________________________________________________________________
- Написано на bash, perl
- Може працювати в середовищі Linux, Mac OS або Cygwin (Windows).
- Використовує базу даних MySQL для створення таблиць.
- Відкритий код, під ліцензією BSD
- Написано для порівняльної геноміки Poxvirus, але я можу адаптувати для інших видів.
- Необхідне програмне забезпечення: Pearl, Mysql, Linux, BLAST.
- Майбутня версія: створіть таблицю функцій для подання Genbank
- Відвідайте наш веб-сайт для останньої версії.
- Версія 2.0: Виправлено декілька помилок. Сценарій копіює суб'єкти протеома за замовчуванням у ваш робочий каталог. Створює робочий каталог і перевіряє, чи існують ваші вхідні файли fasta. Відомі помилки: дескриптор файлів fasta не повинен містити спеціальні символи, такі як: !@#$%^&*()_
- Версія 1.2 - Нові речі в цій версії: - Виправлені деякі помилки. - Автоматично створити вихідну папку. - Перевірте наявність користувача та пароля БД. — Додайте кілька коментарів під час запуску сценарію. - Протеом MOCV включено.
- Відомі помилки: Mysql в Cygwin не знаходить файли. Не перевіряє, чи файли fasta містять лише білки seq.
Аудиторія
Наука/Дослідження
Користувацький інтерфейс
Командний рядок
Мова програмування
Оболонка Unix, Perl
Середовище бази даних
MySQL
Категорії
Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/myorfeome/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.
