Це програма Linux під назвою Pontos для роботи в Linux онлайн, останню версію якої можна завантажити як Pontos-3.0.jar. Його можна запустити онлайн у безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою Pontos для запуску в Linux онлайн з OnWorks безкоштовно.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
ЕКРАНИ
Ad
Pontos для роботи в Linux онлайн
ОПИС
Pontos — це проста у використанні графічна програма на Java для обчислення невиправлених матриць відстані (або подібності) на основі вирівнювання послідовностей ДНК у форматі PHYLIP. Він також створює "відмінні" вирівнювання від звичайних (і навпаки).Він може вирішувати прогалини та неоднозначності різними способами.
Прогалини можуть бути:
- всі вживані;
- всі ігноруються;
- ігнорується лише в кінцях послідовностей, попарно;
- ігнорується лише на кінцях, але тепер глобально (фактично обрізаючи все вирівнювання до найдальших послідовностей від кінців).
Неоднозначності (наприклад, R, Y, N, W тощо в послідовності ДНК) можна трактувати так:
- розглядати неоднозначності як завжди різні;
- розглядати неоднозначність як частково відмінну (наприклад, R на 0.5 буде відрізнятися від A або G);
- ігнорувати неоднозначності в кожному парному порівнянні;
- видалити всі стовпці, глобально, які містять будь-яку неоднозначність.
Pontos був написаний у Linux, але повинен працювати в будь-якій системі, де працює Java. Pontos ліцензовано під GPL версії 3.
Аудиторія
Наука/Дослідження, Кінцеві користувачі/Настільний комп’ютер
Користувацький інтерфейс
Java Swing
Мова програмування
Java
Це програма, яку також можна завантажити з https://sourceforge.net/projects/pontos/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було найпростіше запускати онлайн з однієї з наших безкоштовних операційних систем.
