Це програма для Linux під назвою simulate_pcr, останню версію якої можна завантажити як simulate_PCR-v1.2.tar.gz. Його можна запустити онлайн у безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою simulate_pcr з OnWorks безкоштовно.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
simulate_pcr
Ad
ОПИС
Оцінка специфічності праймера та прогнозування як бажаних, так і нецільових продуктів ампліфікації є важливим кроком для надійного дизайну ПЛР-аналізу. Цей сценарій прогнозує потенційні амплікони полімеразної ланцюгової реакції (ПЛР) у великій базі даних послідовностей, такі як NCBI nt, з одноплексного або великого мультиплексованого набору праймерів, дозволяючи вироджені основи праймерів і зондів, з толерантністю цільової невідповідності та діапазоном довжини амплікону, які встановлюються за допомогою користувача. Код моделювання ПЛР-амплікону також анотує ампліконам інформацію про гени, автоматично завантажену з NCBI, і за бажанням він може передбачити, чи є також збіги зонда TaqMan/Luminex у передбачених ампліконах. Це сценарій Perl командного рядка з відкритим вихідним кодом під назвою simulate_PCR.pl, який викликає програми BLAST (Altschul, et al., 1990) makeblastdb, blastn і blastdbcmd, а також утиліту NCBI efetch (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi).Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/simulatepcr/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.
