Це програма Linux під назвою piv_clustering для роботи в Linux онлайн, останню версію якої можна завантажити як piv_clustering_1.3.tar.gz. Його можна запустити онлайн у безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою piv_clustering для запуску в Linux онлайн з OnWorks безкоштовно.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
СКРЕНИ:
piv_clustering для роботи в Linux онлайн
ОПИС:
Ця програма дозволяє виконувати структурний кластерний аналіз атомних траєкторій, отриманих, наприклад, з моделювання молекулярної динаміки.На відміну від інших підходів, можна також аналізувати процеси в розчині, наприклад, хімічні реакції в рідкій воді, оскільки метрика відстані заснована на векторі інваріантної перестановки (PIV), який є симетричним при обміні ідентичними атомами або молекулами, в т.ч. на тій самій основі як розчинені, так і розчинні ступені свободи. Підхід є загальним, і визначення PIV вимагає лише вказати діапазон міжатомних відстаней, який є релевантним для досліджуваного процесу. В якості альтернативи можна також використовувати топологічні координати SPRINT, які особливо підходять для наноструктур.
Результатом є розбиття траєкторії на кілька структурних кластерів (тобто, набори кадрів), що дозволяє спростити аналіз та візуалізацію.
Будь ласка, прочитайте та процитуйте Gallet & Pietrucci, J. Chem. фіз. 139, 074101 (2013)
риси
- Структурна кластеризація атомістичних траєкторій
- Інваріантність перестановок: кристали, аморфні тверді тіла, рідини, наноструктури
- Підтримуються всі клітинки моделювання (від орторомбічних до триклінінних)
- Паралельна реалізація MPI
Аудиторія
Наука/Дослідження
Мова програмування
Фортран
Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/pivclustering/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.