Це програма для Linux під назвою rRNAFinder, останню версію якої можна завантажити як rRNAFinder-v1.1.1.zip. Його можна запустити в режимі онлайн за допомогою безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою rRNAFinder з OnWorks безкоштовно.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
rRNAFinder
ОПИС:
rRNAFinder — це невеликий програмний пакет Perl, який можна використовувати для автоматичного прогнозування та класифікації генів РНК рибосом, використовуючи зібрані контиги геному/метагенома як вхідні дані. Програмне забезпечення було протестовано лише на операційній системі Linux.
Програма «rRNAFinder.pl», що входить до пакету, використовує програму nhmmer, яка виконує пошук у базах даних arc.hmm, bac.hmm та euk.hmm для ідентифікації генів рРНК із вхідних контигів. Передбачувані гени рРНК включають гени 16S, 18S, 23S, 28S, 5S та 5.8S рРНК.
Програма "rna2taxon.pl" приймає згенеровані вище послідовності генів рРНК формату fasta як вхідні дані для отримання таксономічних призначень для вхідних генів. Вхідні послідовності генів рРНК шукають у завантажених та переформатованих базах даних SILVA SSU та LSU за допомогою blastn.
Будь ласка, зверніться до файлу README.md із репозиторію rRNAFinder GitHub, розташованого за адресою https://github.com/xiaoli-dong/rRNAFinder для отримання інструкцій щодо налаштування та запуску rRNAFinder
риси
- Передбачити гени рРНК (гени рРНК 5s, 5.8s, 16s, 18s, 23s, 28s)
- Таксономічне призначення прогнозованих генів рРНК за допомогою blastn пошуку в базах даних SILVA SSU та LSU
- Швидкий і може використовувати кілька потоків ЦП
Аудиторія
Наука/Дослідження
Користувацький інтерфейс
Командний рядок
Категорії
Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/rrnafinder/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.