Đây là bàn tính lệnh có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình giả lập trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
bàn tính - Tự động sắp xếp dựa trên thuật toán của các chuỗi đã được lắp ráp
SYNOPSIS
bàn tính -r ref -q qs -p ăn xin [TÙY CHỌN]
OR
bàn tính -r ref -q psf -e
ref trình tự tham chiếu trong một tệp fasta duy nhất
qs đường nét ở định dạng nhiều fasta
rog Chương trình MUMmer để sử dụng: 'nucmer' hoặc 'promer'
psf giả phân tử / tệp trình tự có thứ tự ở định dạng fasta
LỰA CHỌN
-h sử dụng in
-d sử dụng các tham số nucmer / promer mặc định
-s int độ dài tối thiểu của từ đối sánh chính xác (nucmer mặc định = 12, mặc định của quảng cáo
= 4)
-m in các đường nét theo thứ tự để tập tin ở định dạng multifasta
-b in các đường nét trong thùng ra tệp
-N in một phân tử giả không có "N" s
-i int mimimum phần trăm nhận dạng [mặc định 40]
-v int mimimum contig phạm vi [mặc định 40]
-V int độ khác biệt phạm vi tối thiểu của contig [mặc định 1]
-l int chiều dài đường viền tối thiểu [mặc định 1]
-t chạy tblastx trên contigs không được ánh xạ
-g chuỗi (tên tệp) in các vùng không được che phủ (khoảng trống) trên tham chiếu đến tên tệp
-a nối các contigs trong thùng vào phân tử giả
-o các tệp đầu ra tiền tố sẽ có tiền tố này
-P chọn bộ sơn lót để đóng khoảng trống
-f int số lượng đế bên sườn ở hai bên của khoảng trống để thiết kế lớp sơn lót (mặc định
350)
-R int Run mummer [mặc định 1, sử dụng -R 0 để tránh chạy mẹ]
-e Thoát contig thứ tự tức là đi đến thiết kế sơn lót
-c Chuỗi tham chiếu là hình tròn
MÔ TẢ
ABACAS nhằm mục đích nhanh chóng điều chỉnh (căn chỉnh, sắp xếp, định hướng), hình dung và thiết kế
mồi để đóng khoảng trống trên các đường gá lắp ráp bằng súng ngắn dựa trên trình tự tham chiếu.
ABACAS sử dụng MUMmer để tìm vị trí căn chỉnh và xác định tổng hợp của các đường viền đã lắp ráp
chống lại tham chiếu. Đầu ra sau đó được xử lý để tạo ra một phân tử giả lấy
các đường nét chồng chéo và khoảng trống trong tài khoản. ABACAS tạo tệp so sánh có thể
được sử dụng để hình dung các đường nét có thứ tự và định hướng trong ACT. Synteny được biểu thị bằng màu đỏ
thanh trong đó cường độ màu giảm với các giá trị thấp hơn của phần trăm nhận dạng giữa
các khối có thể so sánh được. Thông tin về các đường nét như định hướng, phần trăm nhận dạng,
bao phủ và chồng chéo với các đường viền khác cũng có thể được hình dung bằng cách tải kết quả đầu ra
tệp tính năng trên ACT.
Sử dụng bàn tính trực tuyến bằng dịch vụ onworks.net