cleanasn - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

cleanasn - dọn dẹp những bất thường trong các đối tượng NCBI ASN.1

SYNOPSIS

dọn dẹp [-] [-A tên tập tin] [-C str] [-D str] [-F str] [-K str] [-L tên tập tin] [-M tên tập tin]
[-N str] [-P str] [-Q str] [-R] [-S str] [-T] [-U str] [-V str] [-X str] [-Z str] [-a str]
[-b] [-c] [-d str] [-f str] [-i tên tập tin] [-j tên tập tin] [-k tên tập tin] [-m str] [-n con đường]
[-o tên tập tin] [-p con đường] [-q con đường] [-r con đường] [-v con đường] [-x ext]

MÔ TẢ

dọn dẹp là một chương trình tiện ích để dọn dẹp những bất thường trong các đối tượng NCBI ASN.1.

LỰA CHỌN

Dưới đây là một bản tóm tắt các tùy chọn.

- In tin nhắn sử dụng

-A tên tập tin
Tập tin danh sách gia nhập

-C str Các hoạt động tuần tự, theo các cờ trong str:
c Nén
d Giải nén
v Khoảng trống ảo bên trong chuỗi được phân đoạn
s Chuyển đổi tập hợp phân đoạn thành chuỗi delta

-D str Dọn dẹp các bộ mô tả, theo các cờ trong str:
t Xóa tiêu đề
c Xóa bình luận
n Xóa tiêu đề Nuc-Prot Set
e Xóa tiêu đề Bộ Pop/Phy/Mut/Eco
m Xóa tiêu đề mRNA
p Xóa tiêu đề Protein

-F str Dọn dẹp các tính năng, theo các cờ trong str:
u Xóa đối tượng người dùng
d Xóa db_xrefs
e Loại bỏ /chứng cớ và /sự suy luận
r Loại bỏ các xref gen dư thừa
f Cầu chì các tính năng trùng lặp
k Tính năng vùng mã hóa hoặc bộ phận của gói
z Xóa hoặc cập nhật số EC

-K str Thực hiện dọn dẹp chung, theo các cờ trong str:
b BasicSeqEntryDọn dẹp
p C++ BasicCleanup (thông qua tiện ích bên ngoài)
s SeriousSeqEntryDọn dẹp
g GpipeSeqEntryDọn dẹp
n Chuẩn hóa thứ tự mô tả
u Loại bỏ đối tượng người dùng NcbiCleanup
c Đồng bộ hóa mã di truyền
d Đồng bộ lại các phần CDS
m Tái đồng bộ hóa các phần mRNA
t Tái đồng bộ hóa các phần peptide
a Điều chỉnh mối nối đồng thuận
tôi thăng cấp lên Seq-ID "tệ nhất"

-L tên tập tin
Tệp nhật ký

-M tên tập tin
Tệp vĩ mô

-N str Dọn dẹp các liên kết, theo các cờ trong str:
o Liên kết CDS mRNA bằng cách chồng chéo
p Liên kết CDS mRNA theo sản phẩm
r Chỉ định lại ID tính năng
f Sửa các ID tính năng đối ứng bị thiếu
c Xóa ID tính năng

-P Tùy chọn xuất bản:
a Xóa tất cả các ấn phẩm
s Xóa số sê-ri
f Xóa hình, đánh số và tên
r Xóa ghi chú
u Cập nhật ấn phẩm chỉ dành cho PMID
# Thay thế chưa được công bố bằng PMID

-Q str Bài báo cáo:
c Số lượng bản ghi
r Báo cáo ASN.1 BSEC
s Báo cáo ASN.1 SSEC
n Báo cáo NORM so với SSEC
e Báo cáo PopPhyMutEco AutoDef
o Báo cáo chồng chéo
l Độ khác biệt kinh độ-vĩ độ của quốc gia
d Ghi lại sự khác biệt của SSEC
g GenBank SSEC khác biệt
f asn2gb/asn2flat khác biệt
h Sự khác biệt giữa GenBank Seg-to-delta
v Trình xác thực SSEC khác
m Hiện đại hóa Gen/RNA/PCR
u Tra cứu Pub chưa xuất bản
p Tra cứu Pub đã xuất bản
j Báo cáo tạp chí chưa được lập chỉ mục
x Quét tùy chỉnh

-R Tìm nạp từ xa từ ID (cơ sở dữ liệu trình tự NCBI)

-S str Bộ lọc khác biệt có chọn lọc (bỏ qua chữ in hoa)
s SSEC
b BSEC
một tác giả
p Xuất bản
l Vị trí
r ARN
q Thứ tự sắp xếp vòng loại
g Khối Genbank
k Gói CdRegion hoặc các bộ phận có tính năng
m Di chuyển ấn phẩm
o Để lại ấn phẩm Bioseq trùng lặp
d Dòng định nghĩa tự động
e Dòng định nghĩa Pop/Phy/Mut/Eco Set

-T Tra cứu phân loại

-U str Hiện đại hóa, theo các cờ trong str:
g Gen
r ARN
p Mồi PCR

-V str Xóa các tính năng theo mức độ nghiêm trọng của trình xác thực:
r Từ chối
e Lỗi
w Cảnh báo
tôi thông tin

-X str Các tùy chọn khác, trên mỗi str:
d Dòng định nghĩa tự động
e Dòng định nghĩa Pop/Phy/Mut/Eco Set
n Khởi tạo tiêu đề NC
m Khởi tạo tiêu đề NM
x Danh hiệu XM đặc biệt
p Khởi tạo tiêu đề Protein
c Tạo mRNA cho trình tự mã hóa
f Sửa protein_id/transcript_id đối ứng

-Z str Xóa đối tượng người dùng được chỉ định

-a str Loại ASN.1
a Bất kỳ (mặc định)
e Nhập tuần tự
b Sinh trắc học
s Bioseq-bộ
m Seq-gửi
t Xử lý hàng loạt [Chuỗi]

-b Đầu vào ASN.1 là nhị phân

-c Đầu vào ASN.1 được nén

-d str Cơ sở dữ liệu nguồn
a Bất kỳ (mặc định)
g Ngân hàng gen
và EMBL
d DDBJ
b EMBL hoặc DDBJ
r Seq
n NCBI
v Chỉ các chuỗi được phân đoạn
w Loại trừ các chuỗi được phân đoạn
x Loại trừ EMBL/DDBJ
y Loại trừ gbcon, gbest, gbgss, gbhtg, gbpat, gbsts

-f str Bộ lọc chuỗi con

-i tên tập tin
Tệp đầu vào đơn (mặc định là stdin)

-j tên tập tin
Tên tệp đầu tiên

-k tên tập tin
Tên tệp cuối cùng

-m str Chế độ tập tin phẳng:
r Phát hành
e Entrez
sequin
d Bán phá giá

-n con đường
asn2flat thực thi được (mặc định là /netopt/ncbi_tools/bin/asn2flat)

-o tên tập tin
Tệp đầu ra duy nhất (mặc định là thiết bị xuất chuẩn)

-p con đường
Xử lý tất cả các tệp phù hợp trong con đường

-q con đường
ffdiff thực thi được (mặc định là /netopt/genbank/subtool/bin/ffdiff)

-r con đường
Đường dẫn cho kết quả

-v con đường
asnval thực thi được (mặc định là /netopt/ncbi_tools/bin/asnval)

-x ext Hậu tố lựa chọn tập tin để sử dụng với -p (mặc định là .ent)

Sử dụng cleanasn trực tuyến bằng dịch vụ onworks.net