Đây là lệnh ClonalFrame có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình giả lập trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
ClonalFrame - suy luận về quá trình tiến hóa vi khuẩn bằng cách sử dụng dữ liệu trình tự multilocus
SYNOPSIS
ClonalFrame [OPTIONS] tệp đầu ra tệp đầu vào
MÔ TẢ
ClonalFrame xác định các mối quan hệ vô tính giữa các thành viên của một mẫu, trong khi
cũng ước tính vị trí nhiễm sắc thể của các sự kiện tái tổ hợp tương đồng có
phá vỡ sự thừa kế vô tính.
Tùy chọn:
-x NUM Đặt số lần lặp lại sau khi ghi (mặc định là 50000)
-y NUM Đặt số lần lặp lại ghi (mặc định là 50000)
-z NUM Đặt số lần lặp lại giữa các mẫu (mặc định là 100)
-e NUM Đặt số lần di chuyển hoán đổi nhánh mỗi lần lặp lại (mặc định là như vậy một nửa trong số
thời gian được dành để hoán đổi nhánh)
-m NUM Đặt giá trị ban đầu của theta thành NUM (mặc định là ước tính Watterson)
-d NUM Đặt giá trị ban đầu của delta thành NUM (mặc định là 0.001)
-n NUM Đặt giá trị ban đầu của nu thành NUM (mặc định là 0.01)
-r NUM Đặt giá trị ban đầu của R thành NUM (mặc định là ban đầu theta / 10)
-M Cập nhật giá trị của theta
-D Không cập nhật giá trị của delta
-N Không cập nhật giá trị của nu
-R Không cập nhật giá trị của R
-T Không cập nhật cấu trúc liên kết
-A Không cập nhật tuổi của các nút
-G Xóa bỏ mọi khoảng trống
-H Loại bỏ tất cả các khoảng trống tại các vị trí không đa hình
-t NUM Cho biết cây ban đầu sẽ sử dụng: 0 cho cây rỗng, 1 cho một cây được chọn đồng nhất
cây liên hợp và 2 cho cây UPGMA (mặc định)
-w FILE
Sử dụng tệp Newick cho cây ban đầu
-a NUM Đặt tham số đầu tiên của bản phân phối trước beta của nu
-b NUM Đặt tham số thứ hai của bản phân phối trước beta của nu
-U Sử dụng mồi đồng nhất cho rho, theta và delta
-B Chạy ở chế độ BURST
-C Chạy ở chế độ UPGMA với quy trình khởi động từng trang
-c Chạy ở chế độ UPGMA với quy trình khởi động từng mảnh
-S NUM Đặt hạt giống cho trình tạo số ngẫu nhiên thành NUM
-E NUM Đặt tốc độ tăng theo cấp số nhân (mặc định là 0)
-I Bỏ qua khối đầu tiên trong căn chỉnh
-L Dọn dẹp căn chỉnh trước khi chạy ClonalFrame
-l Khoảng cách tối thiểu giữa hai vị trí tham chiếu (mặc định là 50)
-v Chế độ chi tiết
Sử dụng ClonalFrame trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net