gmx-freevolume - Trực tuyến trên Đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

gmx-freevolume - Tính khối lượng miễn phí

SYNOPSIS

gmx freevolume [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]]
[-n [<.ndx>]] [-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-bạn ] [-xvg ] [- [không] rmpbc]
[-sf ] [-selrpos ] [-lựa chọn ]
[-bán kính ] [-hạt giống ] [-ninert ]

MÔ TẢ

GMX miễn phí tính toán khối lượng tự do trong một hộp như một hàm của thời gian. Khối lượng miễn phí
được vẽ dưới dạng một phần nhỏ của tổng khối lượng. Chương trình cố gắng chèn một đầu dò với
bán kính đã cho, vào hộp mô phỏng và nếu khoảng cách giữa đầu dò và bất kỳ nguyên tử nào
nhỏ hơn tổng bán kính van der Waals của cả hai nguyên tử, vị trí được coi là
được chiếm đóng, tức là không tự do. Bằng cách sử dụng bán kính thăm dò bằng 0, khối lượng tự do thực sự là
tính toán. Bằng cách sử dụng bán kính lớn hơn, ví dụ 0.14 nm, gần tương ứng với nước
phân tử, khối lượng tự do của một hạt giả định với kích thước đó sẽ được tạo ra.
Tuy nhiên, lưu ý rằng vì các nguyên tử được coi là các khối cầu cứng nên số lượng này rất
gần đúng, và thường chỉ những thay đổi tương đối mới có ý nghĩa, chẳng hạn như bằng cách thực hiện
một loạt các mô phỏng ở các nhiệt độ khác nhau.

Nhóm được chỉ định bởi lựa chọn được coi là phân định khối lượng không tự do. Các
số lần chèn trên một đơn vị thể tích là rất quan trọng để có được kết quả hội tụ. Về
1000 / nm ^ 3 mang lại độ lệch chuẩn tổng thể được xác định bởi các dao động trong
quỹ đạo thay vì dao động do các số ngẫu nhiên.

Kết quả phụ thuộc rất nhiều vào bán kính van der Waals; chúng tôi khuyên bạn nên sử dụng
giá trị do Bondi (1964).

Khối lượng phân đoạn miễn phí (FFV) mà một số tác giả muốn sử dụng được đưa ra bởi 1 - 1.3 * (1-Free
Âm lượng). Giá trị này được in trên thiết bị đầu cuối.

LỰA CHỌN

Các tùy chọn để chỉ định các tệp đầu vào:

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc) (Tùy chọn)
Quỹ đạo đầu vào hoặc cấu hình đơn: xtc trr cpt Gro g96 pdb tng

-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr) (Tùy chọn)
Cấu trúc đầu vào: Tpr Gro g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Tùy chọn)
Nhóm chỉ mục bổ sung

Các tùy chọn để chỉ định tệp đầu ra:

-o [<.xvg>] (freevolume.xvg) (Tùy chọn)
Khối lượng miễn phí được tính toán

Các lựa chọn khác:

-b (0)
Khung đầu tiên (ps) để đọc từ quỹ đạo

-e (0)
Khung cuối cùng (ps) để đọc từ quỹ đạo

-dt (0)
Chỉ sử dụng khung nếu t MOD dt == lần đầu tiên (ps)

-bạn (ps)
Đơn vị cho các giá trị thời gian: fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg (xmgrace)
Định dạng lô: không có, xmgrace, xmgr

- [không] rmpbc (Đúng)
Làm cho các phân tử hoàn chỉnh cho mỗi khung

-sf
Cung cấp các lựa chọn từ các tệp

-selrpos (nguyên tử)
Các vị trí tham chiếu lựa chọn: nguyên tử, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
Whole_res_com, Whole_res_cog, Whole_mol_com, Whole_mol_cog, part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog

-lựa chọn
Các nguyên tử được coi là một phần của khối lượng bị loại trừ

-bán kính (0)
Bán kính của đầu dò được đưa vào (nm, 0 mang lại thể tích tự do thực sự)

-hạt giống (-1)
Hạt giống cho bộ tạo số ngẫu nhiên.

-ninert (1000)
Số lần chèn đầu dò trên một nm khối để thử cho mỗi khung trong quỹ đạo.

Sử dụng gmx-freevolume trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net