Đây là lệnh gmx-nmens có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình mô phỏng trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
gmx-nmens - Tạo một tập hợp các cấu trúc từ các chế độ thông thường
SYNOPSIS
gmx nmens [-v [<.trr / .cpt / ...>]] [-e [<.xvg>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]]
[-n [<.ndx>]] [-o [<.xtc / .trr / ...>]] [-xvg ]
[-nhân viên bán thời gian ] [-hạt giống ] [-num ] [-Đầu tiên ]
[-Cuối cùng ]
MÔ TẢ
GMX nmens tạo ra một tập hợp xung quanh một cấu trúc trung bình trong một không gian con được xác định
bởi một tập hợp các chế độ bình thường (các vectơ riêng). Các vectơ riêng được giả định là
có trọng lượng lớn. Vị trí dọc theo mỗi vectơ riêng được lấy ngẫu nhiên từ một Gaussian
phân phối với phương sai kT/giá trị riêng.
Theo mặc định, vectơ riêng ban đầu được đặt là 7, vì sáu chế độ thông thường đầu tiên là
bậc tự do tịnh tiến và quay.
LỰA CHỌN
Các tùy chọn để chỉ định các tệp đầu vào:
-v [<.trr / .cpt / ...>] (eigenvec.trr)
Quỹ đạo hoàn toàn chính xác: trr cpt tng
-e [<.xvg>] (eigenval.xvg)
tệp xvgr / xmgr
-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr)
Cấu trúc + khối lượng (db): Tpr Gro g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Tùy chọn)
Tệp chỉ mục
Các tùy chọn để chỉ định tệp đầu ra:
-o [<.xtc / .trr / ...>] (bộ sưu tập.xtc)
Quỹ đạo: xtc trr Gro g96 pdb tng
Các lựa chọn khác:
-xvg
định dạng âm mưu xvg: xmgrace, xmgr, không có
-nhân viên bán thời gian (300)
Nhiệt độ ở Kelvin
-hạt giống (-1)
Hạt giống ngẫu nhiên, -1 tạo hạt giống theo thời gian và pid
-num (100)
Số lượng cấu trúc để tạo ra
-Đầu tiên (7)
Vector riêng đầu tiên được sử dụng (-1 là chọn)
-Cuối cùng (-1)
Vector riêng cuối cùng được sử dụng (-1 là cho đến cuối cùng)
Sử dụng gmx-nmens trực tuyến bằng dịch vụ onworks.net