gmx-select - Trực tuyến trên Đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

gmx-select - In thông tin chung về các lựa chọn

SYNOPSIS

gmx chọn [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-khúc xương [<.xvg>]] [-oc [<.xvg>]] [-Này [<.dat>]]
[-On [<.ndx>]] [-mẹ [<.xvg>]] [-của [<.xvg>]]
[-ofpdb [<.pdb>]] [-olt [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-bạn ] [-xvg ] [- [không] rmpbc]
[- [không] pbc] [-sf ] [-selrpos ]
[-mạng ] [-lựa chọn ] [- [không] định mức]
[- [không] cfnorm] [-resnr ] [-pdbatom ]
[- [không] cumlt]

MÔ TẢ

GMX chọn viết ra dữ liệu cơ bản về các lựa chọn động. Nó có thể được sử dụng cho một số đơn giản
phân tích hoặc đầu ra có thể được kết hợp với đầu ra từ các chương trình khác và / hoặc bên ngoài
các chương trình phân tích để tính toán những thứ phức tạp hơn. Để được trợ giúp chi tiết về việc lựa chọn
cú pháp, vui lòng sử dụng GMX giúp đỡ Lựa chọn.

Bất kỳ sự kết hợp nào của các tùy chọn đầu ra đều có thể thực hiện được, nhưng lưu ý rằng -mẹ chỉ hoạt động trên
lựa chọn đầu tiên. Cũng lưu ý rằng nếu bạn không cung cấp tùy chọn đầu ra, thì không có đầu ra nào được tạo ra.

Với -khúc xương, tính toán số lượng vị trí trong mỗi lựa chọn cho mỗi khung hình. Với -chuẩn mực,
đầu ra nằm trong khoảng từ 0 đến 1 và mô tả phân số từ số lượng lớn nhất
vị trí (ví dụ: đối với lựa chọn 'đổi tên RA và x <5', số vị trí tối đa là
số nguyên tử trong RA dư). Với -cfnorm, đầu ra được chia cho phân số
được bao phủ bởi sự lựa chọn. -chuẩn mực và -cfnorm có thể được chỉ định độc lập với một
khác.

Với -oc, phần được bao phủ bởi mỗi lựa chọn được viết ra dưới dạng một hàm của thời gian.

Với -Này, các nguyên tử / dư lượng / phân tử đã chọn được viết ra dưới dạng một hàm của thời gian. Trong
đầu ra, cột đầu tiên chứa thời gian khung, cột thứ hai chứa số
vị trí, tiếp theo là số nguyên tử / dư lượng / phân tử. Nếu nhiều lựa chọn thì
được chỉ định, kích thước của nhóm thứ hai ngay sau số cuối cùng của nhóm thứ nhất
nhóm và như vậy.

Với -On, các nguyên tử đã chọn được viết dưới dạng tệp chỉ mục tương thích với make_ndx và
các công cụ phân tích. Mỗi lựa chọn được viết dưới dạng một nhóm lựa chọn và cho các lựa chọn động
một nhóm được viết cho mỗi khung.

Đối với số dư, đầu ra của -Này có thể được kiểm soát với -resnr: con số (Default)
in các số dư khi chúng xuất hiện trong tệp đầu vào, trong khi chỉ số in độc đáo
các số được gán cho các chất còn lại theo thứ tự chúng xuất hiện trong tệp đầu vào, bắt đầu bằng
1. Đầu vào trực quan hơn, nhưng nếu đầu vào chứa nhiều phần dư với cùng một
số, đầu ra có thể ít hữu ích hơn.

Với -mẹ, một mặt nạ được in cho lựa chọn đầu tiên như một hàm của thời gian. Mỗi dòng trong
đầu ra tương ứng với một khung và chứa 0/1 cho mỗi
nguyên tử / dư lượng / phân tử có thể được chọn. 1 là viết tắt của nguyên tử / cặn / phân tử là
được chọn cho khung hiện tại, 0 cho không được chọn.

Với -của, phần tỷ lệ lấp đầy của mỗi vị trí (tức là phần khung hình trong đó
vị trí được chọn) được in.

Với -ofpdb, một tệp PDB được viết ra trong đó cột chiếm dụng được điền vào
phần chiếm dụng của mỗi nguyên tử trong vùng lựa chọn. Tọa độ trong tệp PDB sẽ là
những từ cấu trúc liên kết đầu vào. -pdbatom có thể được sử dụng để kiểm soát nguyên tử nào xuất hiện trong
xuất ra tệp PDB: với tất cả các tất cả các nguyên tử đều có mặt, với tối đa tất cả các nguyên tử có thể được chọn
bởi sự lựa chọn có mặt, và với chọn chỉ những nguyên tử được chọn ít nhất trong
một khung có mặt.

Với -olt, một biểu đồ được tạo cho thấy số lượng vị trí đã chọn dưới dạng
chức năng thời gian vị trí được chọn liên tục. -cult có thể được sử dụng để kiểm soát
liệu các khoảng thời gian con có khoảng thời gian dài hơn có được đưa vào biểu đồ hay không.

-mẹ, -củavà -olt chỉ có ý nghĩa với các lựa chọn động.

LỰA CHỌN

Các tùy chọn để chỉ định các tệp đầu vào:

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc) (Tùy chọn)
Quỹ đạo đầu vào hoặc cấu hình đơn: xtc trr cpt Gro g96 pdb tng

-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr) (Tùy chọn)
Cấu trúc đầu vào: Tpr Gro g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Tùy chọn)
Nhóm chỉ mục bổ sung

Các tùy chọn để chỉ định tệp đầu ra:

-khúc xương [<.xvg>] (kích thước.xvg) (Tùy chọn)
Số lượng vị trí trong mỗi lựa chọn

-oc [<.xvg>] (cfrac.xvg) (Tùy chọn)
Phần được bao phủ cho mỗi lựa chọn

-Này [<.dat>] (index.dat) (Tùy chọn)
Các chỉ số được chọn theo từng lựa chọn

-On [<.ndx>] (index.ndx) (Tùy chọn)
Lập chỉ mục tệp từ lựa chọn

-mẹ [<.xvg>] (mặt nạ.xvg) (Tùy chọn)
Mặt nạ cho các vị trí đã chọn

-của [<.xvg>] (chiếm dụng.xvg) (Tùy chọn)
Phần bị chiếm cho các vị trí đã chọn

-ofpdb [<.pdb>] (chiếm dụng.pdb) (Tùy chọn)
Tệp PDB với phần bị chiếm dụng cho các vị trí đã chọn

-olt [<.xvg>] (life.xvg) (Tùy chọn)
Biểu đồ thời gian tồn tại

Các lựa chọn khác:

-b (0)
Khung đầu tiên (ps) để đọc từ quỹ đạo

-e (0)
Khung cuối cùng (ps) để đọc từ quỹ đạo

-dt (0)
Chỉ sử dụng khung nếu t MOD dt == lần đầu tiên (ps)

-bạn (ps)
Đơn vị cho các giá trị thời gian: fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg (xmgrace)
Định dạng lô: không có, xmgrace, xmgr

- [không] rmpbc (Đúng)
Làm cho các phân tử hoàn chỉnh cho mỗi khung

- [không] pbc (Đúng)
Sử dụng các điều kiện biên tuần hoàn để tính toán khoảng cách

-sf
Cung cấp các lựa chọn từ các tệp

-selrpos (nguyên tử)
Các vị trí tham chiếu lựa chọn: nguyên tử, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
Whole_res_com, Whole_res_cog, Whole_mol_com, Whole_mol_cog, part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog

-mạng (nguyên tử)
Các vị trí đầu ra lựa chọn mặc định: nguyên tử, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
Whole_res_com, Whole_res_cog, Whole_mol_com, Whole_mol_cog, part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog

-lựa chọn
Các lựa chọn để phân tích

- [không] định mức (không)
Chuẩn hóa theo tổng số vị trí có -os

- [không] cfnorm (không)
Chuẩn hóa theo phân số được bao phủ với -os

-resnr (số)
Loại đầu ra số dư với -oi và -on: số, chỉ mục

-pdbatom (tất cả)
Các nguyên tử cần viết với -ofpdb: tất cả, maxsel, đã chọn

- [không] cumlt (Đúng)
Tích lũy các khoảng thời gian con của các khoảng thời gian dài hơn trong -olt

Sử dụng gmx-select trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net