Đây là lệnh bên trong có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi, chẳng hạn như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
insegt - Kiểm tra trình tự thế hệ SEcond daTa với chú thích
SYNOPSIS
insegt [OPTIONS]
MÔ TẢ
INSEGT là một công cụ để phân tích sự sắp xếp của các lần đọc RNA-Seq (đầu đơn hoặc đầu cặp)
bằng cách sử dụng chú thích gen.
Đầu vào cho INSEGT là tệp SAM chứa các căn chỉnh và tệp chứa
chú thích của bộ gen tham chiếu, ở định dạng GFF hoặc GTF.
-h, --Cứu giúp
Hiển thị thông báo trợ giúp này.
--phiên bản
Thông tin phiên bản màn hình hiển thị
Các tùy chọn::
-ro, - đầu ra đọc FILE
Tên tệp đầu ra cho đầu ra đọc, chứa các chú thích được ánh xạ theo sau là
chú thích gốc của họ. Loại tệp hợp lệ là: gff.
-đến, --anno-đầu ra FILE
Tên tệp đầu ra cho đầu ra thông báo, chứa các chú thích tương tự như GFF
nhập và bổ sung số lượng của các lần đọc được ánh xạ và biểu thức chuẩn hóa
mức trong RPKM. Loại tệp hợp lệ là: gff.
-đến, --tuple-đầu ra FILE
Tên tệp đầu ra cho tuple-output, chứa các bộ exon được kết nối bằng cách đọc hoặc
cặp vợ chồng. Loại tệp hợp lệ là: gff.
-NS, - đầu ra nhiệt hạch STR
Tên tệp đầu ra cho đầu ra hợp nhất, chứa nhiều exon của dung hợp gen
(Tùy chọn nâng cao, hiện không có cổng đầu ra cho KNIME). Một trong những gff.
-n, --ntuple INT
ntuple Mặc định: 2.
-o, --offset-khoảng thời gian INT
Chênh lệch thành các khoảng căn chỉnh ngắn cho tìm kiếm. Mặc định: 5.
-t, --threshold-gap INT
Ngưỡng cho khoảng trống cho phép trong căn chỉnh (không phải phần giới thiệu). Mặc định: 5.
-c, --threshold-đếm INT
Ngưỡng cho tối thiểu. đếm bộ cho đầu ra. Mặc định: 1.
-r, --ngưỡng-rpkm GẤP ĐÔI
Ngưỡng cho tối thiểu. RPKM của bộ tuple cho đầu ra. Mặc định: 0.0.
-m, - max-tuple
Chỉ tạo maxTuple (được kéo dài bởi toàn bộ bài đọc).
-e, --chính xác-ntuple
Chỉ tạo Tuple có độ dài chính xác n. Theo mặc định, tất cả các bộ có độ dài nhất định
được tính toán (nếu -m được thiết lập, -e sẽ bị bỏ qua).
-u, - định hướng không xác định
Định hướng đọc là không xác định.
VÍ DỤ
miếng lót
example / alignments.sam example / annotations.gff
Chạy INSEGT trên các tệp ví dụ với các tham số mặc định.
miếng lót -m example / alignments.sam example / annotations.gff
Chạy INSEGT trên các tệp ví dụ và chỉ tính maxTuple.
miếng lót -c 2 example / alignments.sam example / annotations.gff
Chạy INSEGT trên các tệp ví dụ và chỉ xuất ra bộ giá trị nhỏ nhất. số đếm 2.
PHIÊN BẢN
phiên bản insegt: 1.0 Cập nhật lần cuối 2012-09-11
Sử dụng insegt trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net