kalign - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

kalign - thực hiện nhiều sự liên kết của các chuỗi sinh học.

SYNOPSIS

căn chỉnh [infile.fasta] [outfile.fasta] [Tùy chọn]

căn chỉnh [-tôi infile.fasta] [-O outfile.fasta] [Tùy chọn]

căn chỉnh [< infile.fasta] [> outfile.fasta] [Tùy chọn]

MÔ TẢ

Kalign là một công cụ dòng lệnh để thực hiện nhiều việc căn chỉnh các trình tự sinh học. Nó
sử dụng thuật toán so khớp chuỗi Muth?Manber để cải thiện cả độ chính xác và tốc độ
của sự liên kết. Nó sử dụng cách tiếp cận liên kết tiến bộ, toàn cầu, được làm phong phú bằng cách sử dụng một
thuật toán so khớp chuỗi gần đúng để tính toán khoảng cách chuỗi và bằng cách kết hợp
các trận đấu cục bộ vào sự liên kết toàn cầu khác.

LỰA CHỌN

-s -gpo -gapopen -gap_open x
Khoảng cách mở hình phạt.

-e -gpe -gap_ext -gapeextension x
Gap hình phạt gia hạn.

-t -tgpe -terminal_gap_extension_penalty x
Hình phạt khoảng cách thiết bị đầu cuối.

-m -thưởng -matrix_bonus x
Một hằng số được thêm vào ma trận thay thế.

-c -loại <input, cái cây, khoảng trống.>
Thứ tự xuất hiện của các chuỗi trong căn chỉnh đầu ra.

-g -đặc tính
Chọn chế độ tính năng và chỉ định những tính năng nào sẽ được sử dụng: ví dụ: tất cả, maxplp,
CẤU TRÚC, PFAM-A?

-same_feature_score
Điểm cho việc sắp xếp các tính năng giống nhau.

-diff_feature_score
Hình phạt cho việc sắp xếp các tính năng khác nhau.

-d -khoảng cách <wu, cặp>
Phương pháp khoảng cách

-b -cây -cây hướng dẫn <nj, upgma>
Phương pháp cây hướng dẫn

-z -zcutoff
Tham số được sử dụng trong tính toán khoảng cách dựa trên wu-manber.

-i -trong -đầu vào
Tên của tệp đầu vào.

-o -ngoài -đầu ra
Tên của tệp đầu ra.

-a -gap_inc
Tăng hình phạt về khoảng cách tùy thuộc vào số lượng khoảng trống hiện có.

-f -định dạng <fasta, tin nhắn, à, cl, macsim>
Định dạng đầu ra.

-q -Yên lặng
Không in gì tới STDERR. Không đọc gì từ STDIN.

THAM KHẢO

· Timo Lassmann và Erik LL Sonnhammer (2005) Kalign - bội số chính xác và nhanh chóng
thuật toán căn chỉnh trình tự. Tin sinh học BMC 6:298

· Timo Lassmann, Oliver Frings và Erik LL Sonnhammer (2009) Kalign2:
sự liên kết nhiều chuỗi protein và nucleotide hiệu suất cao cho phép
Các tính năng bên ngoài. Nghiên cứu Axit Nucleic 3:858?865.

TÁC GIẢ

Cây bách ly hương Lassmann <timolassmann@gmail.com>
Tác giả thượng nguồn của Kalign.

Charles Plessy <plessy@debian.org>
Đã viết trang này.

BẢN QUYỀN

Bản quyền © 2004, 2005, 2006, 2007, 2008 Timo Lassmann

Kalign là phần mềm miễn phí. Bạn có thể phân phối lại và/hoặc sửa đổi nó theo các điều khoản của
Giấy phép Công cộng GNU do Tổ chức Phần mềm Tự do xuất bản.

Trang hướng dẫn này được viết bởi Charles Plessyplessy@debian.org> cho Debian(TM)
hệ thống (nhưng có thể được sử dụng bởi những người khác). Quyền được cấp để sao chép, phân phối và / hoặc
sửa đổi tài liệu này theo các điều khoản tương tự như chính kalign.

Trên hệ thống Debian, văn bản đầy đủ của Giấy phép Công cộng GNU phiên bản 2 có thể
tìm thấy trong / usr / share / common-License / GPL-2.

Sử dụng kalign trực tuyến bằng dịch vụ onworks.net