Đây là lệnh mirabait có thể được chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình giả lập trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
mirabait - chọn các bài đọc từ một bộ sưu tập đã đọc
SYNOPSIS
kỳ lạ [-f ] [-t [-NS ...]] [-iklor] tệp tin trong tệp tin mồi
MÔ TẢ
kỳ lạ chọn các bài đọc từ bộ sưu tập đã đọc có một phần tương tự hoặc bằng
trình tự được xác định là mồi đích. Sự giống nhau được xác định bằng cách tìm một người dùng có thể điều chỉnh
số k-mer chung (trình tự của k bazơ liên tiếp) giống nhau trong mồi
trình tự và trình tự được sàng lọc sẽ được chọn, chuyển tiếp hoặc đảo ngược
hướng bổ sung.
LỰA CHỌN
-f
tải loại tệp dự án này, trong đó fromtype là:
chuỗi caf từ CAF
chuỗi maf từ MAF
chuỗi phd từ PHD
trình tự gbf từ GBF
trình tự fasta từ FASTA
chuỗi fastq từ FASTQ
-t
viết các trình tự cho loại này (nhiều đề cập đến -t được cho phép):
chuỗi fasta đến FASTA
chuỗi fastq thành FASTQ
chuỗi caf sang CAF
maf trình tự đến MAF
tên trình tự txt vào tệp văn bản
-k k-mer, độ dài của mồi trong cơ sở (<32, mặc định = 31)
-n Tối thiểu. số lượng bả k-mer cần thiết (mặc định = 1)
-i Đánh ngược: chỉ ghi các chuỗi không trúng mồi
-r Không kiểm tra hướng bổ sung ngược lại
-o Chênh lệch chất lượng fastq (chỉ dành cho -f = 'fastq') Chênh lệch giá trị chất lượng trong FASTQ
tập tin. Mặc định: 33 Giá trị 0 sẽ cố gắng tự động nhận dạng.
-f
tải loại tệp dự án này, trong đó fromtype là:
chuỗi caf từ CAF
chuỗi maf từ MAF
chuỗi phd từ PHD
trình tự gbf từ GBF
trình tự fasta từ FASTA
chuỗi fastq từ FASTQ
-t
viết các trình tự cho loại này (nhiều đề cập đến -t được cho phép):
chuỗi fasta đến FASTA
chuỗi fastq thành FASTQ
chuỗi caf sang CAF
maf trình tự đến MAF
tên trình tự txt vào tệp văn bản
-k k-mer, độ dài của mồi trong cơ sở (<32, mặc định = 31)
-n Tối thiểu. số lượng bả k-mer cần thiết (mặc định = 1)
-i Đánh ngược: chỉ ghi các chuỗi không trúng mồi
-r Không kiểm tra hướng bổ sung ngược lại
-o Chênh lệch chất lượng fastq (chỉ dành cho -f = 'fastq') Chênh lệch giá trị chất lượng trong FASTQ
tập tin. Mặc định: 33 Giá trị 0 sẽ cố gắng tự động nhận dạng.
Sử dụng mirabait trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net