Đây là lệnh pbdagcon có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình mô phỏng trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
pbdagcon - sự đồng thuận trình tự bằng cách sử dụng biểu đồ tuần hoàn có hướng
MÔ TẢ
pbdagcon là một công cụ triển khai DAGCon (Đồng thuận đồ thị theo chu kỳ có hướng)
thuật toán đồng thuận trình tự dựa trên việc sử dụng đồ thị tuần hoàn có hướng để mã hóa nhiều
liên kết trình tự.
Nó sử dụng thông tin căn chỉnh từ nói xấu(1) để căn chỉnh trình tự đọc thành "xương sống"
sự liên tiếp. Dựa trên biểu đồ chu kỳ có hướng căn chỉnh cơ bản (DAG), nó sẽ có thể
sử dụng thông tin mới từ các lần đọc để tìm ra sự khác biệt giữa các lần đọc và
trình tự "xương sống". Sau đó, một quy trình lập trình động được áp dụng cho DAG để
tìm ra trình tự căn cứ tối ưu làm sự đồng thuận. Sự đồng thuận mới có thể được sử dụng như một
trình tự đường trục mới để liên tục cải thiện chất lượng đồng thuận.
Trong khi mã được phát triển để xử lý dữ liệu chuỗi thô PacBio(TM), thuật toán có thể
được sử dụng cho mục đích đồng thuận chung. Hiện tại, nó chỉ nhận đầu vào FASTA. Để ngắn hơn
đọc trình tự, người ta có thể cần phải điều chỉnh nói xấu(1) các tham số căn chỉnh để có được
chuỗi căn chỉnh đúng cách.
Mã và cấu trúc dữ liệu đồ họa cơ bản đã được sử dụng cho một số thuật toán
nguyên mẫu phát triển bao gồm đọc theo từng giai đoạn, lắp ráp trước và công việc xung quanh để
tạo ra sự đồng thuận từ các đầu ra trung gian của Celera Assembler.
LỰA CHỌN
Bản tóm tắt các tùy chọn có sẵn từ menu trợ giúp của chương trình.
--Cứu giúp Hiển thị tóm tắt các tùy chọn.
Sử dụng pbdagcon trực tuyến bằng dịch vụ onworks.net