proteinortho5 - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

proteinortho5 - công cụ phát hiện chỉnh hình

SYNOPSIS

proteinortho5 [LỰA CHỌN] NHANH CHÓNG1 NHANH CHÓNG2 [NHANH CHÓNG...]

MÔ TẢ

Proteinortho là một công cụ độc lập hướng tới các bộ dữ liệu lớn và sử dụng
kỹ thuật tính toán phân tán khi chạy trên phần cứng đa lõi. Nó thực hiện một
phiên bản mở rộng của heuristic căn chỉnh tốt nhất tương hỗ. Proteinortho đã được áp dụng cho
tính toán các protein trực giao trong bộ hoàn chỉnh của tất cả 717 bộ gen của vi khuẩn có sẵn
tại NCBI vào đầu năm 2009. Các tác giả đã xác định thành công ba mươi loại protein hiện diện trong
99% của tất cả các proteome vi khuẩn.

LỰA CHỌN

-e = Giá trị điện tử cho vụ nổ [mặc định: 1e-05]

-p = chương trình blast {blastn | blastp | blastn + | blastp +} [default: blastp +]

-dự án =
tiền tố cho tất cả các tên tệp kết quả [default: myproject]

-cú pháp
kích hoạt tiện ích mở rộng PoFF để tách các trình tự tương tự theo các cụm từ bổ sung theo ngữ cảnh
(yêu cầu .gff cho mỗi .fasta)

-dups ​​= PoFF: số lần lặp lại cho phương pháp phân tích bổ trợ, để xác định trùng lặp
vùng (mặc định: 0)

-cs = PoFF: Kích thước của một chuỗi con chung tối đa (MCS) cho các kết quả trùng khớp (mặc định: 3)

-alpha =
PoFF: trọng số của các bổ sung so với độ tương tự của trình tự (mặc định: 0.5)

-desc viết các tệp mô tả (chỉ dành cho đầu vào NCBI FASTA)

-giữ cho lưu trữ kết quả vụ nổ tạm thời để sử dụng lại

-lực lượng buộc tính toán lại kết quả vụ nổ trong mọi trường hợp

-cpus = số lượng bộ xử lý để sử dụng [mặc định: tự động]

-tự nổ tung
áp dụng selfblast, phát hiện các paralog mà không cần ortholog

-độc thân
báo cáo các gen đơn lẻ mà không có bất kỳ tác động nào

-tính chất =
tối thiểu phần trăm danh tính của các lần truy cập phổ biến nhất [mặc định: 25]

-cov = tối thiểu phạm vi bao phủ của các căn chỉnh tốt nhất trong% [mặc định: 50]

-conn = tối thiểu kết nối đại số [mặc định: 0.1]

-sim = tối thiểu tương tự cho các lần truy cập bổ sung (0..1) [mặc định: 0.95]

-bước = 1 -> tạo chỉ số 2 -> chạy blast (và ff-adj, nếu -cú pháp được đặt) 3 ->
phân cụm 0 -> tất cả (mặc định)

-blastpath =
đường dẫn đến vụ nổ cục bộ của bạn (nếu không được cài đặt trên toàn cầu)

-bèo thuyền
thông báo cho bạn về tiến độ

-dọn dẹp loại bỏ tất cả các tệp không cần thiết sau khi xử lý

-đoạn tạo tệp .graph (quan hệ chỉnh hình theo cặp)

-gỡ lỗi cung cấp thông tin chi tiết để theo dõi lỗi

Các thông số vụ nổ cụ thể hơn có thể được xác định bằng

-blastParameters ='[tham số]' (ví dụ: -blastParameters ='-seg không')

Trong trường hợp công việc cần được phân phối cho nhiều máy, hãy sử dụng

-startat = Số tệp bắt đầu bằng (mặc định: 0)

-stopat = Số tệp kết thúc bằng (mặc định: -1)

Sử dụng proteinortho5 trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net