Đây là ứng dụng Linux có tên FOCUS có bản phát hành mới nhất có thể được tải xuống dưới dạng FOCUS_0.31_python_2.7.XX.zip. Nó có thể được chạy trực tuyến trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks cho máy trạm.
Tải xuống và chạy trực tuyến ứng dụng có tên FOCUS với OnWorks này miễn phí.
Làm theo các hướng dẫn sau để chạy ứng dụng này:
- 1. Đã tải ứng dụng này xuống PC của bạn.
- 2. Nhập vào trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 3. Tải lên ứng dụng này trong trình quản lý tệp như vậy.
- 4. Khởi động trình giả lập trực tuyến OnWorks Linux hoặc trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MACOS từ trang web này.
- 5. Từ Hệ điều hành OnWorks Linux mà bạn vừa khởi động, hãy truy cập trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 6. Tải xuống ứng dụng, cài đặt và chạy nó.
MÀN HÌNH
Ad
FOCUS
MÔ TẢ
FOCUS, một chế phẩm sáng tạo và nhanh nhẹn dựa trên việc sử dụng các bình phương nhỏ nhất không âm để lập hồ sơ và báo cáo các sinh vật phong phú hiện diện trong các mẫu me-tagenomic và sự phong phú tương đối của chúng mà không phụ thuộc vào độ dài trình tự. Chương trình đã được thử nghiệm với các metagenome mô phỏng và thực tế, và kết quả cho thấy rằng phương pháp tiếp cận của chúng tôi dự đoán các sinh vật trong các cộng đồng ngẫu nhiên.Tính khả dụng và triển khai: Bạn có thể tìm thấy mã được triển khai bằng Python tại đây và một máy chủ web tại http://edwards.sdsu.edu/FOCUS.
Phụ thuộc: Jellyfish, Numpy và Scipy.
Trích dẫn
Silva, GGZ, DA Cuevas, BE Dutilh và RA Edwards, 2014: FOCUS: một mô hình không có căn chỉnh để xác định các sinh vật trong metagenomes bằng cách sử dụng các bình phương nhỏ nhất không âm. PeerJ, 2, e425, doi: 10.7717 / peerj.425.
Tính năng
- bộ gen
- Giàu có
- Ngang nhau
Đây là một ứng dụng cũng có thể được tìm nạp từ https://sourceforge.net/projects/metagenomefocus/. Nó đã được lưu trữ trên OnWorks để có thể chạy trực tuyến một cách dễ dàng nhất từ một trong những Hệ thống hoạt động miễn phí của chúng tôi.
