Đây là ứng dụng Linux có tên rRNAFinder có bản phát hành mới nhất có thể được tải xuống dưới dạng rRNAFinder-v1.1.1.zip. Nó có thể được chạy trực tuyến trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks cho máy trạm.
Tải xuống và chạy trực tuyến ứng dụng có tên rRNAFinder này với OnWorks miễn phí.
Làm theo các hướng dẫn sau để chạy ứng dụng này:
- 1. Đã tải ứng dụng này xuống PC của bạn.
- 2. Nhập vào trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 3. Tải lên ứng dụng này trong trình quản lý tệp như vậy.
- 4. Khởi động trình giả lập trực tuyến OnWorks Linux hoặc trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MACOS từ trang web này.
- 5. Từ Hệ điều hành OnWorks Linux mà bạn vừa khởi động, hãy truy cập trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 6. Tải xuống ứng dụng, cài đặt và chạy nó.
rRNAFinder
SỰ MIÊU TẢ:
rRNAFinder là một gói phần mềm perl nhỏ, có thể được sử dụng để tự động dự đoán và phân loại các gen RNA ribosome bằng cách sử dụng các đường nét bộ gen / metagenome đã lắp ráp làm đầu vào. Phần mềm chỉ được thử nghiệm trên hệ điều hành Linux.
Chương trình "rRNAFinder.pl" có trong gói sử dụng chương trình nhmmer tìm kiếm dựa trên cơ sở dữ liệu arc.hmm, bac.hmm và euk.hmm để xác định các gen rRNA từ các đường nét đầu vào. Các gen rRNA dự đoán bao gồm các gen rRNA 16S, 18S, 23S, 28S, 5S và 5.8S.
Chương trình "rna2taxon.pl" chấp nhận trình tự gen rRNA định dạng fasta được tạo ở trên làm đầu vào để tạo ra các phân loại phân loại cho các gen đầu vào. Các trình tự gen rRNA đầu vào được tìm kiếm dựa trên cơ sở dữ liệu SILVA SSU và LSU được tải xuống và định dạng lại bằng cách sử dụng blastn.
Vui lòng tham khảo tệp README.md từ kho lưu trữ rRNAFinder GitHub tại https://github.com/xiaoli-dong/rRNAFinder để biết hướng dẫn về cấu hình và chạy rRNAFinder
Tính năng
- Dự đoán gen rRNA (gen rRNA 5s, 5.8s, 16s, 18s, 23s, 28s)
- Phân loại phân loại các gen rRNA được dự đoán bằng cách sử dụng tìm kiếm blastn dựa trên cơ sở dữ liệu SILVA SSU và LSU
- Nhanh chóng và có thể sử dụng nhiều luồng CPU
Khán giả
Nghiên cứu khoa học
Giao diện người dùng
Dòng lệnh
Categories
Đây là một ứng dụng cũng có thể được tìm nạp từ https://sourceforge.net/projects/rrnafinder/. Nó đã được lưu trữ trên OnWorks để có thể chạy trực tuyến một cách dễ dàng nhất từ một trong những Hệ thống hoạt động miễn phí của chúng tôi.