Đây là ứng dụng Windows có tên Visualization of Protein-Ligand Graphs để chạy trong Windows trực tuyến trên Linux trực tuyến có bản phát hành mới nhất có thể được tải xuống dưới dạng vplg_2016_07_18.zip. Nó có thể được chạy trực tuyến trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks cho máy trạm.
Tải xuống và chạy trực tuyến ứng dụng này có tên là Visualization of Protein-Ligand Graphs để chạy trong Windows trực tuyến trên Linux trực tuyến với OnWorks miễn phí.
Làm theo các hướng dẫn sau để chạy ứng dụng này:
- 1. Đã tải ứng dụng này xuống PC của bạn.
- 2. Nhập vào trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 3. Tải lên ứng dụng này trong trình quản lý tệp như vậy.
- 4. Khởi động bất kỳ trình giả lập trực tuyến OS OnWorks nào từ trang web này, nhưng trình giả lập trực tuyến Windows tốt hơn.
- 5. Từ Hệ điều hành Windows OnWorks bạn vừa khởi động, hãy truy cập trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 6. Tải xuống ứng dụng và cài đặt nó.
- 7. Tải xuống Wine từ kho phần mềm phân phối Linux của bạn. Sau khi cài đặt, bạn có thể nhấp đúp vào ứng dụng để chạy chúng với Wine. Bạn cũng có thể thử PlayOnLinux, một giao diện đẹp mắt trên Wine sẽ giúp bạn cài đặt các chương trình và trò chơi phổ biến của Windows.
Wine là một cách để chạy phần mềm Windows trên Linux, nhưng không cần Windows. Wine là một lớp tương thích Windows mã nguồn mở có thể chạy các chương trình Windows trực tiếp trên bất kỳ máy tính để bàn Linux nào. Về cơ bản, Wine đang cố gắng triển khai lại đủ Windows từ đầu để nó có thể chạy tất cả các ứng dụng Windows đó mà không thực sự cần đến Windows.
MÀN HÌNH:
Trực quan hóa Đồ thị Protein-Phối tử để chạy trong Windows trực tuyến trên Linux trực tuyến
SỰ MIÊU TẢ:
Gói phần mềm Visualization of Protein-Ligand Graphs (VPLG) tính toán và trực quan hóa các đồ thị protein. Nó hoạt động ở cấp cấu trúc siêu cấp hai và sử dụng tọa độ nguyên tử từ các tệp PDB và các phép gán SSE của thuật toán DSSP.VPLG là phần mềm dòng lệnh. Nếu bạn không thích nhập lệnh, hãy thử máy chủ web PTGL của chúng tôi: http://ptgl.uni-frankfurt.de/
Tính năng
- Đọc dữ liệu nguyên tử 3 chiều từ tệp PDB và phép gán cấu trúc thứ cấp từ tệp DSSP
- Tính toán biểu đồ phối tử protein từ dữ liệu và trực quan hóa biểu đồ
- Hỗ trợ đầu ra của hình ảnh đồ thị ở định dạng bitmap (.png) và vectơ (.svg)
- Xuất biểu đồ protein-phối tử trong một tệp văn bản thuần túy ở định dạng riêng (.plg), dễ chỉnh sửa, phân tích cú pháp và tạo bằng chương trình máy tính cũng như ở một số định dạng tệp đồ thị tiêu chuẩn
- Có thể đọc và hình dung trực tiếp đồ thị protein từ .plg-files
- Phần mềm nguồn mở miễn phí (FOSS)
- Hỗ trợ cơ sở dữ liệu (hoàn toàn tùy chọn, không yêu cầu máy chủ cơ sở dữ liệu theo mặc định)
- Giao diện dòng lệnh cho phép xử lý hàng loạt dễ dàng thông qua các tập lệnh shell
- Cho phép lọc các phối tử theo số nguyên tử
- GUI mới được viết bằng Java, không cần phải gõ lệnh console nữa!
- Phần mềm hỗ trợ máy chủ web PTGL: http://ptgl.uni-frankfurt.de/
Khán giả
Khoa học / Nghiên cứu, Giáo dục, Người dùng cuối nâng cao
Giao diện người dùng
Java Swing, Bảng điều khiển / Thiết bị đầu cuối, Dòng lệnh
Ngôn ngữ lập trình
Java
Môi trường cơ sở dữ liệu
JDBC
Đây là một ứng dụng cũng có thể được tìm nạp từ https://sourceforge.net/projects/vplg/. Nó đã được lưu trữ trên OnWorks để có thể chạy trực tuyến một cách dễ dàng nhất từ một trong những Hệ thống hoạt động miễn phí của chúng tôi.