这是命令 clustalo，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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clustalo - 蛋白质的通用多序列比对程序
概要
克劳斯塔洛 [-H]
商品描述
Clustal-Omega 是用于蛋白质的通用多序列比对 (MSA) 程序。
它产生高质量的 MSA，能够处理数百个数据集
数以千计的序列在合理的时间内。
在默认模式下，用户给出一个要对齐的序列文件，这些序列被聚类为
产生一个引导树，这用于引导序列的“渐进比对”。
还有一些工具可以将现有路线相互对齐，对齐一个
序列对齐并使用隐马尔可夫模型 (HMM) 来帮助指导
与用于制造 HMM 的序列同源的新序列的比对。
后一种程序称为“外部轮廓对齐”或 EPA。
Clustal-Omega 基于 HHalign 包使用 HMM 作为对齐引擎
约翰内斯·索丁 [1]。 引导树是使用 mBed [2] 的增强版本制作的，它可以
在 O(N*log(N)) 时间内对大量序列进行聚类。 然后多重对齐
在聚类之后，使用 HHalign 对齐越来越大的对齐
由引导树给出。
目前的 Clustal-Omega 只能比对蛋白质序列，不能比对 DNA/RNA
序列。 预计 DNA/RNA 将在未来版本中可用。
用法
工具使用在 /usr/share/doc/clustalo/README 中可用。
发展
头文件和库在 libclustalo-dev 包中可用。
引用
Sievers F、Wilm A、Dineen DG、Gibson TJ、Karplus K、Li W、Lopez R、McWilliam H、
Remmert M、Söding J、Thompson JD、Higgins DG (2011)。 快速、可扩展的高
优质蛋白质多序列比对
使用 Clustal Omega。 分子系统生物学 7.
使用 onworks.net 服务在线使用 clustalo
