这是命令 clustalw，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
您的姓名
clustalw - 核酸和蛋白质序列的多重比对
概要
集群 [-infile] 文件.ext [配置]
集群 [-救命 | -全力帮助]
商品描述
Clustal W 是用于 DNA 或蛋白质的通用多重比对程序。
该程序执行许多核苷酸或氨基酸序列的同时比对。 它
通常以交互方式运行，提供菜单和在线帮助。 如果您更喜欢使用
在命令行（批处理）模式下，您必须提供几个选项，最小的是
-infile.
配置
数据 （序列）
-输入文件=文件.ext
输入序列。
-配置文件1=文件.ext 和 -配置文件2=文件.ext
配置文件（旧对齐）
动词 （做 事物）
-选项
列出命令行参数。
-救命 or -检查
概述命令行参数。
-全力帮助
输出完整的帮助内容。
-对齐
做完整的多重对齐。
-树
计算 NJ 树。
-pim
输出百分比单位矩阵（在计算树时）。
-引导程序=n
引导 NJ 树（n= 引导程序的数量； 定义。 = 1000）。
-转变
以不同的文件格式输出输入序列。
有无库存 （组 事物）
其他咨询 设置：
-交互的
阅读命令行，然后进入正常的交互菜单。
-快树
对齐引导树使用 FAST 算法。
-类型=
蛋白质 or 的DNA 序列。
-负
蛋白质与矩阵中的负值对齐。
-输出文件=
序列比对文件名。
-输出=
GCG, GDE, 飞利浦, PIR or 关系.
-输出顺序=
INPUT or 已对齐
-案件
LOWER or 上 （仅适用于 GDE 输出）。
-seqnos=
OFF or ON （仅适用于 Clustal 输出）。
-seqnos_range=
OFF or ON （新：适用于所有输出格式）。
-范围=m,n
写入开始的序列范围 m 至 m+n.
-最大序列=n
允许的最大输入序列长度。
-安静的
将控制台输出减少到最低限度。
-统计=文件
记录一些对齐统计信息到 文件.
快速 成对 对齐方式：
-k元组=n
字大小。
-topdiags=n
最佳诊断的数量。
-窗口=n
最佳诊断周围的窗口。
-对间隙=n
间隙惩罚。
-得分
百分 or 绝对.
放慢 成对 对齐方式：
-pw矩阵=
:蛋白质重量矩阵=花开, PAM, 戈内特, ID or 文件名
-pwdmatrix=
DNA权重矩阵=花开宫内节育器 花开CLUSTALW 或 花开文档名称。
-pwgopen=f
间隙开罚。
-pwgapext=f
间隙扩展惩罚。
多 对齐方式：
-新树=
新指南树的文件。
-使用树=
旧指南树的文件。
-矩阵=
蛋白质重量矩阵=花开, PAM, 戈内特, ID or 文件名.
-dmatrix=
DNA权重矩阵=宫内节育器, 俱乐部 or 文件名.
-gopen=f
间隙开罚。
-间隙=f
间隙扩展惩罚。
-接合
无端间隙分离笔。
-间隙距离=n
间隙分离笔。 范围。
-无间隙
残留特定间隙关闭。
-nohgap
亲水间隙关闭。
-hga残基=
列出亲水性资源。
-最大div=n
延迟的百分比标识。
-类型=
蛋白质 or 的DNA
-转重=f
过渡加权。
-迭代=
没有 or 树 or 对准.
-数字=n
要执行的最大迭代次数。
本人简介 对齐方式：
-轮廓
通过轮廓对齐合并两个对齐。
-新树1=
profile1 的新指南树文件。
-新树2=
profile2 的新指南树文件。
-使用树1=
profile1 的旧指南树文件。
-使用树2=
profile2 的旧指南树文件。
序列 至 本人简介 对齐方式：
-序列
依次将 profile2 序列添加到 profile1 比对中。
-新树=
新指南树的文件。
-使用树=
旧指南树的文件。
结构 对齐方式：
-nosecstr1
不要对配置文件 1 使用二级结构间隙惩罚掩码。
-nosecstr2
不要对配置文件 2 使用二级结构间隙惩罚掩码。
-secstrout=结构 or MASK or 都 or 没有
在对齐文件中输出。
-螺旋间隙=n
螺旋核心残基的间隙惩罚。
-链间隙=n
链核心残基的间隙惩罚。
环隙=n
循环区域的间隙惩罚。
-终端间隙=n
结构末端的间隙惩罚。
-螺旋末端素=n
螺旋内被视为末端的残基数。
-螺旋输出=n
螺旋外被视为末端的残基数。
-strandendin=n
链内被视为末端的残基数。
-strandout=n
要作为末端处理的链外的残基数。
树木：
-输出树=nj OR 飞利浦 OR DIST OR 关系
-种子=n
引导程序的种子编号。
-木村
使用木村的修正。
-抛头露面
忽略有间隙的位置。
-引导标签=节点
树显示中引导值的位置。
-聚类=
新泽西州或 UPGMA。
使用 onworks.net 服务在线使用 clustalw
