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idfetch - 从 NCBI ID1 服务器检索生物数据

概要

取回 [-[-F STR[-G 文件名[-Q 文件名[-c N[-d STR[-e N[-f STR[-g N]
[-i N[-l 文件名[-n[-o 文件名[-q STR[-s STR[-t N]

商品描述

取回 是 NCBI 的 ID1 服务器的客户端，其中包含大量带注释的数据库
生物序列。

配置

下面是选项的摘要。

- 打印使用信息

-F STR 添加指定的特征类型（逗号分隔）； 允许值为 CDD、SNP、
SNP_graph、MGC、HPRD、STS、tRNA 和 microRNA。

-G 文件名
包含 GI 列表、（版本化）加入、要转储的 FASTA SeqID 的文件

-Q 文件名
通过Entrez查询生成GI列表 文件名; 需要 -dn or -dp.

-c N 最大复杂度：
0 获取整个 blob（默认）
1 获取感兴趣的生物序列
2 得到包含感兴趣的生物序列的最小生物序列集
3 获得包含感兴趣的生物序列的最小 nuc-prot
4 获得包含感兴趣的生物序列的最小pub-set

-d STR 要使用的数据库（与 -q, 可以是 n 对于核苷酸或 p 蛋白质）。

-e N 要转储的实体编号（检索编号）

-f STR 扁平化的 SeqId。 可能的格式：
类型([姓名][,[加入][,[释放][,版本]]]) 为 '5(HUMHBB)'
类型=加入
类型:数
(类型 是指示 ASN.1 Seq-id 子类型的数字。）

-g N 要转储的单个实体的 GI id

-i N 查找类型：
0 获取 Seq-entry（默认）
1 获取 GI 状态（输出到 stderr）
2 获取 SeqIds
3 获取 GI 历史记录（仅更改序列）
4 获取修订历史（对 ASN.1 的任何更改）

-l 文件名
日志文件

-n 仅输出 GI 列表（带有 -q 和 -Q).

-o 文件名
输出文件名（默认 = 标准输出)

-q STR 通过Entrez查询生成gi列表。 需要 -dn or -dp.

-s STR FASTA 样式 SeqId 包含在引号中。 格式：
液晶|INT or STR
论坛|INT
bbm|INT
国标|ACC|禄
嵌入|ACC|禄
皮尔|ACC|姓名
sp|ACC|姓名
拍|国家|专利|以次
吉|INT
数据库|ACC|禄
公关|ACC|姓名
数据库|条目|链

-t N 输出类型：
1 文本 ASN.1（默认）
2 二进制 ASN.1
3 GenBank（仅限 Seq-entry）
4 GenPept（仅限 Seq-entry）
5 FASTA（历史表）
6 个质量分数（仅限 Seq-entry）
7 Entrez 文档摘要
8 FASTA 反向补码

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