这是一个名为 rRNAFinder 的 Linux 应用程序，其最新版本可以下载为 rRNAFinder-v1.1.1.zip。 它可以在工作站的免费托管服务提供商 OnWorks 中在线运行。
免费下载并在线运行这个名为 rRNAFinder 的应用程序和 OnWorks。
请按照以下说明运行此应用程序：
- 1. 在您的 PC 中下载此应用程序。
- 2. 在我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX 中输入您想要的用户名。
- 3. 在这样的文件管理器中上传这个应用程序。
- 4. 从此网站启动OnWorks Linux online 或Windows online emulator 或MACOS online emulator。
- 5. 从您刚刚启动的 OnWorks Linux 操作系统，使用您想要的用户名转到我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX。
- 6. 下载应用程序，安装并运行。
rRNA查找器
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商品描述
rRNAFinder 是一个小的perl 软件包，可用于使用组装的基因组/宏基因组contigs 作为输入自动预测和分类核糖体RNA 基因。 该软件仅在 Linux 操作系统上进行了测试。
包中包含的“rRNAFinder.pl”程序使用 nhmmer 程序搜索 arc.hmm、bac.hmm 和 euk.hmm 数据库来识别输入重叠群中的 rRNA 基因。 预测的rRNA基因包括16S、18S、23S、28S、5S和5.8S rRNA基因。
“rna2taxon.pl”程序接受上述生成的 fasta 格式 rRNA 基因序列作为输入，以生成输入基因的分类分配。 输入 rRNA 基因序列在下载和重新格式化的 SILVA SSU 和 LSU 数据库中使用 Blastn 进行搜索。
请参阅位于 rRNAFinder GitHub 存储库的 README.md 文件 https://github.com/xiaoli-dong/rRNAFinder 有关配置和运行 rRNAFinder 的说明
特征
- 预测 rRNA 基因（5s、5.8s、16s、18s、23s、28s rRNA 基因）
- 使用针对 SILVA SSU 和 LSU 数据库的 Blastn 搜索对预测的 rRNA 基因进行分类分配
- 速度快，可以使用多个 CPU 线程
目的
学术/科研
用户界面
命令行
分类目录
这是一个也可以从 https://sourceforge.net/projects/rrnafinder/ 获取的应用程序。 它已托管在 OnWorks 中，以便从我们的免费操作系统之一以最简单的方式在线运行。
