asnval - 云端在线

这是命令 asnval,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器

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asnval - 验证 ASN.1 生物序列记录

概要


阿斯瓦尔 [-[-A[-B[-C N[-D[-E STR[-F[-G[-J[-K[-L 文件名[-M]
[-N 标志[-P N[-Q N[-R N[-S N[-T[-U[-X[-Y[-Z[-a 类型[-b[-c]
[-d [-e[-f STR[-i 文件名[-k[-l[-o 文件名[-p [-q[-r[-u]
[-v N[-x STR]

商品描述


阿斯瓦尔 是一个命令行工具,用于验证 ASN.1 格式的生物序列记录。

配置


下面是选项的摘要。

- 打印使用信息

-A 验证对齐

-B 验证条形码

-C N 最大计数

-D 禁用消息抑制

-E STR 仅显示错误代码

-F 测试网络访问

-G 从加入中查找 GI

-J 需要 ISO-JTA?

-K 错误文件摘要

-L 文件名
日志文件

-M 将 locus_tag 与通用 ID 匹配

-N 标志
经纬度/国家标志
0无
1 个测试州/省
2 忽略水异常
3 以上两种

-P N 显示错误的最高严重性:
0无
1 信息
2警告
3 错误(默认为 -Q)
4 个拒绝理由(默认为 -P, -R)

-Q N 显示错误的最低严重性,每 P

-R N 返回码错误的严重程度,每 P

-S N 跳过计数

-T 使用线程

-U 基因组中心提交

-X 外显子剪接检查

-Y 核对旧身份证

-Z 远程 CDS 产品获取

-a 类型
输入 ASN.1 类型:
a 自动(默认)
c 串联
z 任何
e 顺序输入
b 生物序列
s 生物序列集
m seq-提交
t 批生物序列集
u 批量 seq-提交

-b 批处理文件是二进制的

-c 批处理文件被压缩

-d
索引二进制 ASN.1 数据的路径

-e 忽略转录/翻译异常

-x STR 子串过滤器

-i 文件名
单个输入文件(默认为标准输入)

-k 本地抓取

-l 提前锁定组件

-o 文件名
单个输出文件

-p
ASN.1 文件的路径

-q 分类查找

-r 从 ID 远程获取

-u 递归

-v N 冗长:
1 标准报告(默认)
2 加入/严重性/代码(空格分隔)
3 加入/严重性/代码(制表符分隔)
4 XML 报告
5 加入/GI/严重性/代码(制表符分隔)

-x STR 文件选择子串 (.ent 默认)

使用 onworks.net 服务在线使用 asnval



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