fa2dna - 云端在线

这是 fa2dna 命令,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器

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fa2dna - 格式化 fasta 数据库以与 ANFO 一起使用

概要


fa2DNA [ 选项 | 文件 ... ]

商品描述


fa2DNA 以 fasta 格式读取一个或多个文件并将它们重新格式化为适合的数据库
安福(1). 输入文件可以包含多个序列,每个序列可以
被一段 Ns 分解成多个重叠群。 所有 IUPAC 歧义代码都是
完全支持。

配置


-V,--version
打印版本号并退出。

-o 文件,--输出文件
将输出写入 文件.文件 应该以 。脱氧核糖核酸因为 安福 和一些下游
工具可能会偶然发现不同的扩展名。 默认是基因组名称
。脱氧核糖核酸 延期。

-m N, --maxn N
设置最大数量 Ns 被解释为 IUPAC 歧义代码 N; 任何
更长的拉伸被解释为分离重叠群。 默认值为 2。

-g 名称,--基因组名称
将基因组名称设置为 姓名. 此名称存储在输出文件中,并将被
用于 安福 在其输出中识别匹配的基因组。 基因组应该是
输出文件名的前缀,以允许下游工具找到它。 名字
应该是简短但独特的,类似于人类或黑猩猩的“hg18”或“pt2”
基因组会正常工作。

-d 文本,--描述文本
添加 文本 作为元数据的描述。 这纯粹是信息性的。

-v,--详细
导致打印进度指示器。

使用 onworks.net 服务在线使用 fa2dna



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