fahash - 云端在线

这是命令 fahash 可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器

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fahash - 用于反向 e-PCR 的序列哈希构建器

概要


法哈希 [-hV] -b 散列文件 [-w wdsize] [-f period] [-F fragment_min,fragment_max] [-k] [-c
缓存大小] [-v 1|2] famap 文件 ...

法哈希 [-hV] -T 哈希文件 [-o 输出文件]

商品描述


该程序 法哈希 是 e-PCR 套件的一部分,用于构建哈希文件和输出
反向 e-PCR 搜索的词使用统计。

配置


-b 哈希文件
从序列文件构建哈希表(哈希文件),

-T 哈希文件
打印哈希文件的单词使用统计信息

-o 输出文件
将输出写入文件“outfile”

构建选项:
-w 字数
构建哈希表时设置字长

-f 期间
构建哈希表时设置不连续

-k 构建哈希文件时跳过重复

-F 最小,最大
为片段大小设置水印(以 Mb 为单位)(仅限版本 1)

-c 缓存大小
设置缓存大小(仅限版本 2)

-v ver 使用格式版本 (1|2, 2 是默认值)


famap -tN -b 基因组.famap org/chr_*.fa

fahash -b 基因组.hash -w 12 -f3 ${PWD}/genome.famap

re-PCR -s 基因组.hash -n1 -g1 ACTATTGATGATGA AGGTAGATGTTTTT 120-200

参见 地图(1)和 重新聚合(1)

使用 onworks.net 服务在线使用 fahash



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