这是可以使用我们的多个免费在线工作站之一(例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器)在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行的命令 vina
程序:
您的姓名
vina - 将小分子与蛋白质对接
商品描述
输入:
--受体 ARG
受体的刚性部分(PDBQT)
- 柔性 ARG
灵活的侧链,如果有的话 (PDBQT)
--配体 ARG
配体(PDBQT)
搜索 空间 (必需的):
--center_x ARG
中心的 X 坐标
--center_y ARG
中心的 Y 坐标
--center_z ARG
中心的 Z 坐标
--尺寸_x ARG
X 维度的大小(埃)
--尺寸_y ARG
Y 维尺寸(埃)
--尺寸_z ARG
Z 维尺寸(埃)
输出 (可选的):
- 出去 ARG
输出模型 (PDBQT),根据配体文件名选择默认值
- 日志 ARG
可选地,写入日志文件
杂项 (可选的):
- 中央处理器 ARG
要使用的 CPU 数量(默认是尝试检测 CPU 数量,或者,
如果失败,请使用 1)
- 种子 ARG
显式随机种子
--详尽无遗 arg (=8) 全局搜索的详尽性(大致
与时间成正比):1+
--num_模式 参数 (=9)
要生成的最大绑定模式数
--能量范围 参数 (=3)
显示的最佳结合模式和最差结合模式之间的最大能量差
(千卡/摩尔)
配置 文件 (可选的):
--配置 ARG
上面的选项可以放在这里
资讯 (可选的):
- 帮帮我 显示使用摘要
--帮助高级
使用高级选项显示使用情况摘要
- 版
显示程序版本
使用 onworks.net 服务在线使用 vina