vina - 云端在线

这是可以使用我们的多个免费在线工作站之一(例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器)在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行的命令 vina

程序:

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vina - 将小分子与蛋白质对接

商品描述


输入:
--受体 ARG
受体的刚性部分(PDBQT)

- 柔性 ARG
灵活的侧链,如果有的话 (PDBQT)

--配体 ARG
配体(PDBQT)

搜索 空间 (必需的):
--center_x ARG
中心的 X 坐标

--center_y ARG
中心的 Y 坐标

--center_z ARG
中心的 Z 坐标

--尺寸_x ARG
X 维度的大小(埃)

--尺寸_y ARG
Y 维尺寸(埃)

--尺寸_z ARG
Z 维尺寸(埃)

输出 (可选的):
- 出去 ARG
输出模型 (PDBQT),根据配体文件名选择默认值

- 日志 ARG
可选地,写入日志文件

杂项 (可选的):
- 中央处理器 ARG
要使用的 CPU 数量(默认是尝试检测 CPU 数量,或者,
如果失败,请使用 1)

- 种子 ARG
显式随机种子

--详尽无遗 arg (=8) 全局搜索的详尽性(大致
与时间成正比):1+

--num_模式 参数 (=9)
要生成的最大绑定模式数

--能量范围 参数 (=3)
显示的最佳结合模式和最差结合模式之间的最大能量差
(千卡/摩尔)

配置 文件 (可选的):
--配置 ARG
上面的选项可以放在这里

资讯 (可选的):
- 帮帮我 显示使用摘要

--帮助高级
使用高级选项显示使用情况摘要

- 版
显示程序版本

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