第二分

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2ndscore - 找到固定在每个位置的最佳发夹。

概要

2ndscore in.fasta > out.hairpins

商品描述

对于序列中的每个位置，这将输出一行：

-0.6 52 .. 62 TTCCTAAAAGGTTCCA GCG CAAAA TGC CATAAGCACCACATT
（分数）（开始..结束）（左上下文）（发夹）（右上下文）

对于靠近序列末端的位置，上下文可以用“x”填充
人物。 如果找不到发夹，则分数将为“无”。

可以给出多个 fasta 文件，并且每个 fasta 文件中可以有多个序列。 这
每个序列的输出将由一行以“>”开头并包含
序列的 FASTA 描述。

因为正链和负链的发夹分数可能不同（由于 GU
在 RNA 中结合），默认情况下 2ndscore 为每个序列输出两组发夹：
FORWARD 发夹和 REVERSE 发夹。 所有的前发夹先输出，然后
通过在它们前面的“>”行末尾加上“FORWARD”一词来标识它们。
类似地，REVERSE 发夹列在以“REVERSE”结尾的“>”行之后。 如果你
只想搜索一条或另一条链，您可以使用：

--no-fwd 不要打印 FORWARD 发夹
--no-rvs 不要打印 REVERSE 发夹

您可以设置使用的能量函数，就像 transterm 使用 --gc、--au、--gu 一样，
--mm, --gap 选项。 还支持 --min-loop、--max-loop 和 --max-len 选项。

FORMAT OF “ 。包 FILES
.bag 文件的列按顺序是：

1. 基因名称
2. 终结者_开始
3. 终结者_结束
4. 发夹分数
5.tail_score
6. 终结者_序列

7. terminator_confidence：发夹和尾得分的组合
考虑到这些分数在随机序列中的可能性。 这个
是终止符的主要“分数”，计算方法如
纸。

8. APPROXIMATE_distance_from_end_of_gene：*近似*碱基数
在基因的末端和终止子的开始之间配对。 这个
在几个方面是近似的：首先，（也是最重要的）TransTermHP
并不总是使用真正的基因末端。 取决于您提供的选项
它可能会剪掉一些基因的末端来处理终止子
与基因部分重叠。 二、终结者“开始”的地方
不是很好定义。 此字段仅用于完整性检查
（据报道在基因末端附近最好的终止子不应该是
_太远_距离基因的末端）。

使用 传输 无 基因组 注释
TransTermHP 仅将已知基因信息用于 3 件事：(1) 标记假定的
终止子作为“内部基因”或“基因间”，（2）选择背景GC-
计算分数的内容百分比，因为基因通常具有不同的 GC 含量
比基因间区域，以及（3）产生稍微更具可读性的输出。 项目 (1)
和 (3) 不是真正必要的，并且 (2) 如果您的基因具有大致相同的
GC 含量作为基因间区域。

不幸的是，TransTermHP 还没有一个简单的选项可以在没有注释的情况下运行
文件（.ptt 或 .coords），并且需要至少存在 2 个基因。 解决方案
是创建位于每条染色体两侧的假的小基因。 为此，制作一个 fake.coords
仅包含以下两行的文件：

fakegene1 1 2 chome_id
fakegene2 L-1 L chrom_id

其中 L 是输入序列的长度，L-1 比输入序列的长度小 1
序列。 "chrom_id" 应该是 .fasta 文件中 ">" 之后的单词
包含您的序列。 （例如，如果您的 .fasta 文件以“>seq1”开头，则
chrom_id = seq1)。

这会创建一个“假”注释，其中两个 1 个碱基长的基因位于序列的两侧
尾对尾排列：--> <--。 TransTermHP 然后可以运行：

transterm -p expterm.dat 序列.fasta fake.coords

如果您的基因间区域的 G/C 含量与您的基因大致相同，那么这
不会对终结者获得的分数产生太大影响。 另一方面，
这种 TransTermHP 的使用还没有经过太多测试，所以很难保证它的
准确度。

使用 onworks.net 服务在线使用 2ndscore