这是名为 SOAP3-DP 的 Linux 应用程序，可在 Linux 在线运行，其最新版本可以下载为soap3-dp-2.3.172-cuda4.2-linux-AmazonEC2.tar.gz。 它可以在工作站的免费托管服务提供商 OnWorks 中在线运行。
下载并在线运行这个名为 SOAP3-DP 的应用程序，以免费在 Linux 上运行 OnWorks。
请按照以下说明运行此应用程序：
- 1. 在您的 PC 中下载此应用程序。
- 2. 在我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX 中输入您想要的用户名。
- 3. 在这样的文件管理器中上传这个应用程序。
- 4. 从此网站启动OnWorks Linux online 或Windows online emulator 或MACOS online emulator。
- 5. 从您刚刚启动的 OnWorks Linux 操作系统，使用您想要的用户名转到我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX。
- 6. 下载应用程序，安装并运行。
SCREENSHOTS
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SOAP3-DP 在 Linux 上在线运行
商品描述
GitHub 上的最新代码：https://github.com/aquaskyline/SOAP3-dp
SOAP3-dp 通过优化算法利用 CPU 和 GPU 的计算能力，同时提供高速度和灵敏度。 与广泛采用的对齐器包括 BWA、Bowtie2、SeqAlto、CUSHAW2、GEM 和基于 GPU 的对齐器 BarraCUDA 和 CUSHAW 相比，SOAP3-dp 被发现要快两到几十倍，同时保持最高的灵敏度和最低的错误发现率 (FDR) ) 在不同长度的 Illumina 上读取。 SOAP3-dp 本身支持 BAM 文件格式，并提供与 BWA 相同的评分方案，使其能够集成到现有的分析管道中。
引文：罗睿、黄 T、朱杰、刘 CM、朱 X 等。 (2013) SOAP3-dp：快速、准确和灵敏的基于 GPU 的短读对齐器。 PLoS 一 8（5）：e65632。 doi:10.1371/journal.pone.0065632
目的
学术/科研
用户界面
控制台/终端
程式语言
C++，C
这是一个也可以从 https://sourceforge.net/projects/soap3dp/ 获取的应用程序。 它已托管在 OnWorks 中，以便从我们的免费操作系统之一以最简单的方式在线运行。
