适用于 Linux 的 BamBam 下载

这是名为 BamBam 的 Linux 应用程序,其最新版本可以下载为 bambam-1.4.tgz。 它可以在工作站的免费托管服务提供商 OnWorks 中在线运行。

 
 

免费下载并在线运行这个名为 BamBam with OnWorks 的应用程序。

请按照以下说明运行此应用程序:

- 1. 在您的 PC 中下载此应用程序。

- 2. 在我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX 中输入您想要的用户名。

- 3. 在这样的文件管理器中上传这个应用程序。

- 4. 从此网站启动OnWorks Linux online 或Windows online emulator 或MACOS online emulator。

- 5. 从您刚刚启动的 OnWorks Linux 操作系统,使用您想要的用户名转到我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX。

- 6. 下载应用程序,安装并运行。

巴姆巴姆



描述:

BamBam 包括许多用于分析 DNA 下一代测序数据的工具。 提供了用于调用 SNP 和插入缺失、识别大规模缺失、绘制映射读取计数、甲基化分析等的工具。

取决于 SAMtools (http://samtools.sourceforge.net/) 和 BAMtools (https://github.com/pezmaster31/bamtools)。 还使用 BioPerl,它包含在下载 tarball 中。



特征

  • 调用 SNP 和插入缺失
  • 归因基因型
  • 建立共识序列
  • 制表映射读数的计数(RNA-seq)
  • 使用 K 均值聚类推断单倍型定相
  • 分析 DNA 甲基化(亚硫酸氢盐测序)


目的

学术/科研



程式语言

语言,C++


分类目录

生物信息学

这是一个也可以从 https://sourceforge.net/projects/bambam/ 获取的应用程序。 它已托管在 OnWorks 中,以便从我们的免费操作系统之一以最简单的方式在线运行。



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