الدانماركي - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

دان - يحسب درجة حرارة انصهار الحمض النووي

موجز

دان -تسلسل seqall -بحجم النافذه عدد صحيح -زيادة التحول عدد صحيح -دناكونك الطفو
-سالتكونك الطفو [-المنتج تبديل] -فورماميد الطفو -عدم تطابق الطفو -prodlen عدد صحيح
[-الحرارية تبديل] -درجة حرارة الطفو -رنا منطقية -حبكة تبديل -mintemp الطفو
-رسم بياني xygraph -ملف تقرير

دان -مساعدة

الوصف

دان هو برنامج سطر أوامر من EMBOSS ("البرنامج المفتوح الأوروبي للبيولوجيا الجزيئية
جناح"). وهو جزء من مجموعة (مجموعات) الأوامر "Nucleic:Properties,Nucleic:Composition".

OPTIONS

إدخال قسم
-تسلسل seqall

مطلوب: قسم
-بحجم النافذه عدد صحيح
قيم نقطة الانصهار وغيرها من الخصائص الديناميكية الحرارية للتسلسل هي
يتم تحديده عن طريق أخذ تسلسل قصير يُعرف بالنافذة وتحديد
خصائص التسلسل في تلك النافذة. يتم نقل النافذة بشكل تدريجي على طول
تسلسل مع الخصائص التي يتم حسابها في كل موضع جديد. القيمة الافتراضية: 20

-زيادة التحول عدد صحيح
هذا هو المقدار الذي يتم به تحريك النافذة عند كل زيادة من أجل العثور على
نقطة الانصهار وغيرها من الخصائص على طول التسلسل. القيمة الافتراضية: 1

-دناكونك الطفو
القيمة الافتراضية: 50.

-سالتكونك الطفو
القيمة الافتراضية: 50.

إضافي قسم
المنتج الخيارات
-المنتج تبديل
يطالب هذا بنسبة الفورماميد والنسبة المئوية لعدم التطابق المسموح بها وطول المنتج.

-فورماميد الطفو
يحدد هذا النسبة المئوية للفورماميد التي سيتم استخدامها في العمليات الحسابية (يتم تجاهلها إلا إذا كانت
- المنتج المستخدم). القيمة الافتراضية: 0.

-عدم تطابق الطفو
يحدد هذا نسبة عدم التطابق المئوية التي سيتم استخدامها في العمليات الحسابية (يتم تجاهلها ما لم
- المنتج المستخدم). القيمة الافتراضية: 0.

-prodlen عدد صحيح
يحدد هذا طول المنتج الذي سيتم استخدامه في العمليات الحسابية (يتم تجاهله إلا إذا كان
- المنتج المستخدم). القيمة الافتراضية: $(حجم النافذة)

الديناميكا الحرارية الخيارات
-الحرارية تبديل
قم بإخراج قيم DeltaG وDeltaH وDeltaS لنوافذ التسلسل إلى بيانات الإخراج
ملف.

-درجة حرارة الطفو
إذا تم تحديد -thermo فهذا يحدد درجة الحرارة التي سيتم عندها
حساب قيم DeltaG وDeltaH وDeltaS. القيمة الافتراضية: 25.

متقدم قسم
-رنا منطقية
يحدد هذا أن التسلسل هو تسلسل RNA وليس تسلسل DNA.

الناتج قسم
-حبكة تبديل
إذا لم يتم تحديد ذلك، فسيتم إنتاج ملف بيانات الإخراج، وإلا سيتم إنشاء قطعة من الملف
يتم إنتاج نقطة الانصهار على طول التسلسل.

-mintemp الطفو
أدخل الحد الأدنى لقيمة مقياس درجة الحرارة (المحور الصادي) للمؤامرة. القيمة الافتراضية:
55

-رسم بياني xygraph

-ملف تقرير
إذا لم يتم إنتاج قطعة أرض، فسيتم تقديم بيانات عن نقطة الانصهار وما إلى ذلك في كل نافذة
على طول التسلسل يتم إخراجه إلى الملف.

استخدم dane عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net