الدرجة الثانية

برنامج:

اسم

الدرجة الثانية - اعثر على أفضل دبوس شعر مثبت في كل موضع.

موجز

2ndscore in.fasta> out.hairpins

الوصف

سيخرج هذا سطرًا لكل موضع في التسلسل:

-0.6 52 .. 62 TTCCTAAGTTCCA GCG CAAAA TGC CATAAGCACCACAT
(النتيجة) (البداية .. النهاية) (السياق الأيسر) (دبوس الشعر) (تابع اليمين)

بالنسبة للمواضع القريبة من نهايات التسلسلات ، قد يكون السياق مبطنًا بعلامة "x"
الشخصيات. إذا لم يتم العثور على دبوس الشعر ، فستكون النتيجة "لا شيء".

يمكن إعطاء ملفات فاستا متعددة ويمكن أن تكون تسلسلات متعددة في كل ملف فاستا. ال
سيتم فصل الإخراج لكل تسلسل بسطر يبدأ بـ ">" ويحتوي على
وصف FASTA للتسلسل.

لأن درجات دبوس الشعر الخاصة بالخيط الزائد والناقص قد تختلف (بسبب GU
ملزم في RNA) ، بشكل افتراضي ، تُخرج الدرجة الثانية مجموعتين من دبابيس الشعر لكل تسلسل:
دبابيس الشعر إلى الأمام ودبابيس الشعر العكسية. يتم إخراج جميع دبابيس الشعر الأمامية أولاً ، و
يتم التعرف عليها من خلال وضع كلمة "إلى الأمام" في نهاية السطر ">" التي تسبقها.
وبالمثل ، فإن دبابيس الشعر REVERSE مدرجة بعد السطر ">" الذي ينتهي بـ "REVERSE". اذا أنت
إذا كنت تريد البحث عن خيط واحد أو آخر فقط ، فيمكنك استخدام:

- no-fwd لا تطبع دبابيس الشعر إلى الأمام
- no-rvs لا تطبع دبابيس الشعر العكسي

يمكنك ضبط وظيفة الطاقة المستخدمة ، تمامًا كما هو الحال مع transterm باستخدام --gc ، --au ، --gu ،
- مم ، - خيارات الفجوة. يتم أيضًا دعم خيارات --min-loop و --max-loop و --max-len.

FORMAT OF ال .حقيبة FILES
أعمدة ملفات bag. بالترتيب:

1. اسم الجين
2.terminator_start
3.terminator_end
4. دبابيس الشعر
5.tail_score
6. إنهاء_تتالي

7. terminator_confidence: مزيج من دبوس الشعر والذيل يسجل ذلك
يأخذ في الاعتبار مدى احتمالية وجود مثل هذه الدرجات في تسلسل عشوائي. هذه
هي "الدرجة" الرئيسية للفاصل ويتم حسابها على النحو الموصوف في
الورقة.

8. APPROXIMATE_distance_from_end_of_gene: الرقم * التقريبي * للقاعدة
أزواج بين نهاية الجين وبداية المنهي. هذه
تقريبي بعدة طرق: أولاً ، (والأهم) TransTermHP
لا تستخدم دائما نهايات الجينات الحقيقية. اعتمادا على الخيارات التي تقدمها
قد تقطع بعض نهايات الجينات للتعامل مع النهايات التي
تتداخل جزئيًا مع الجينات. ثانيًا ، حيث "يبدأ" الفاصل
أليس هذا محددًا جيدًا. هذا الحقل مخصص فقط لفحص الصحة
(يُقال أن المُنهي الأفضل في نهاية الجينات لا ينبغي أن يكون كذلك
_ بعيد جدا_ عن نهاية الجين).

باستخدام ترانسترم WITHOUT جينوم الشروح
يستخدم TransTermHP المعلومات الجينية المعروفة لـ 3 أشياء فقط: (1) وضع علامات على المفترضة
النهايات إما "داخل الجينات" أو "بين الجينات" ، (2) اختيار الخلفية GC-
النسبة المئوية للمحتوى لحساب الدرجات ، لأن الجينات غالبًا ما تحتوي على محتوى GC مختلف
من المناطق الجينية ، و (3) إنتاج مخرجات أكثر قابلية للقراءة. العناصر (1)
و (3) ليست ضرورية حقًا ، و (2) ليس لها أي تأثير إذا كانت جيناتك لها نفس التأثير تقريبًا
محتوى GC كمناطق جينية.

لسوء الحظ ، لا يتوفر لدى TransTermHP حتى الآن خيار بسيط للتشغيل بدون تعليق توضيحي
ملف (إما .ptt أو .coords) ، ويتطلب وجود جينين على الأقل. الحل
هو تخليق جينات صغيرة مزيفة تحيط بكل كروموسوم. للقيام بذلك ، قم بعمل أسطوانات وهمية
ملف يحتوي على هذين السطرين فقط:

Fakegene1 1 2 chome_id
fakegene2 لتر -1 لتر chrom_id

حيث L هو طول تسلسل الإدخال و L-1 أقل من طول الإدخال
تسلسل. يجب أن تكون "chrom_id" الكلمة التي تلي مباشرة ">" في ملف .fasta
تحتوي على التسلسل الخاص بك. (على سبيل المثال ، إذا بدأ ملف .fasta الخاص بك بـ "> seq1" ، إذن
chrom_id = seq1).

يؤدي هذا إلى إنشاء تعليق توضيحي "مزيف" به جينات ذات قاعدة واحدة طويلة تحيط بالتسلسل في a
ترتيب الذيل إلى الذيل: -> <-. يمكن بعد ذلك تشغيل TransTermHP مع:

transterm -p expterm.dat التسلسل.فاستا fake.coords

إذا كان محتوى G / C لمناطقك الجينية هو نفسه تقريبًا مثل جيناتك ، فعندئذ هذا
لن يكون لها تأثير كبير على النتائج النهائية التي تتلقاها. من ناحية أخرى،
لم يتم اختبار هذا الاستخدام لـ TransTermHP كثيرًا على الإطلاق ، لذلك من الصعب أن نضمن ذلك
دقة.

استخدم 2ndscore عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net