هذا هو تطبيق Linux المسمى NGSEP للتشغيل في Linux عبر الإنترنت والذي يمكن تنزيل أحدث إصدار له كـ NGSEPcore_4.0.1.jar. يمكن تشغيله عبر الإنترنت في مزود الاستضافة المجاني OnWorks لمحطات العمل.
قم بتنزيل وتشغيل هذا التطبيق المسمى NGSEP عبر الإنترنت للتشغيل في Linux عبر الإنترنت باستخدام OnWorks مجانًا.
اتبع هذه التعليمات لتشغيل هذا التطبيق:
- 1. قم بتنزيل هذا التطبيق على جهاز الكمبيوتر الخاص بك.
- 2. أدخل في مدير الملفات الخاص بنا https://www.onworks.net/myfiles.php؟username=XXXXX باسم المستخدم الذي تريده.
- 3. تحميل هذا التطبيق في هذا الملف.
- 4. ابدأ تشغيل OnWorks Linux عبر الإنترنت أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MACOS عبر الإنترنت من هذا الموقع.
- 5. من نظام تشغيل OnWorks Linux الذي بدأته للتو ، انتقل إلى مدير الملفات الخاص بنا https://www.onworks.net/myfiles.php؟username=XXXXX مع اسم المستخدم الذي تريده.
- 6. قم بتنزيل التطبيق وتثبيته وتشغيله.
SCREENSHOTS
Ad
NGSEP للتشغيل في Linux عبر الإنترنت
الوصف
NGSEP هو إطار متكامل لتحليل بيانات تسلسل الحمض النووي عالية الإنتاجية. الاستخدام الرئيسي لـ NGSEP هو البناء والتحليل النهائي لمجموعات البيانات الكبيرة للتنوع الجيني. يقوم NGSEP بالكشف الدقيق والتنميط الجيني لمتغيرات النيوكليوتيدات المفردة (SNVs) ، والإندلس الصغيرة والكبيرة ، والتكرارات الترادفية القصيرة (STRs) ، والانعكاسات ، ومتغيرات رقم النسخ (CNVs). يوفر NGSEP أيضًا وحدات للتعليق التوضيحي الوظيفي ، والتصفية ، وتحويل التنسيق ، والمقارنة ، والتجميع ، والتضمين ، وتحليل التقديم وأنواع مختلفة من الإحصائيات. تتوفر قائمة كاملة بالوظائف في موقع wiki الخاص بنا (https://sourceforge.net/p/ngsep/wiki/Home/).الأخبار: لقد وفرنا للتو أول إصدار لسطر الأوامر من الإصدار 4 ، بما في ذلك تطبيقنا الخاص لمحاذاة القراءة القائمة على فهرس FM. تم توحيد استخدام سطر الأوامر عبر التطبيق بأكمله. يرجى تخصيص بعض الوقت لتحديث البرامج النصية للترقية إلى هذا الإصدار الجديد. مزيد من التفاصيل متوفرة في الويكي.
شرح المميزات:
- الكشف عن تعدد الأشكال والتنوعات في عدد النسخ والمتغيرات الهيكلية
- محاذاة للقراءة الأولية لجينوم مرجعي
- معالجة VCF: التعليق التوضيحي الوظيفي ، الدمج ، التصفية ، المقارنة ، تحويل التنسيق ، التضمين
- حساب وتخطيط إحصائيات SAM / BAM و VCF
- يقرأ demultiplexing
- محاذاة مجموعات الجينوم المشروحة
- الإحصاء والتصفية على شروح النسخ بتنسيق GFF3
الجمهور
صناعة الرعاية الصحية ، علوم / أبحاث ، جمهور آخر ، زراعة
واجهة المستخدم
جافا SWT ، وحدة التحكم / المحطة الطرفية ، الكسوف
لغة البرمجة
جافا
هذا تطبيق يمكن جلبه أيضًا من https://sourceforge.net/projects/ngsep/. تمت استضافته في OnWorks ليتم تشغيله عبر الإنترنت بأسهل طريقة من أحد أنظمتنا التشغيلية المجانية.
