هذا هو تطبيق Linux المسمى iCAS - نظام تجميع Illumina Clone للتشغيل في Linux عبر الإنترنت والذي يمكن تنزيل أحدث إصدار له كـ icas_v062.tar.bz2. يمكن تشغيله عبر الإنترنت في مزود الاستضافة المجاني OnWorks لمحطات العمل.
قم بتنزيل هذا التطبيق وتشغيله عبر الإنترنت المسمى iCAS - نظام تجميع Illumina Clone للتشغيل في Linux عبر الإنترنت باستخدام OnWorks مجانًا.
اتبع هذه التعليمات لتشغيل هذا التطبيق:
- 1. قم بتنزيل هذا التطبيق على جهاز الكمبيوتر الخاص بك.
- 2. أدخل في مدير الملفات الخاص بنا https://www.onworks.net/myfiles.php؟username=XXXXX باسم المستخدم الذي تريده.
- 3. تحميل هذا التطبيق في هذا الملف.
- 4. ابدأ تشغيل OnWorks Linux عبر الإنترنت أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MACOS عبر الإنترنت من هذا الموقع.
- 5. من نظام تشغيل OnWorks Linux الذي بدأته للتو ، انتقل إلى مدير الملفات الخاص بنا https://www.onworks.net/myfiles.php؟username=XXXXX مع اسم المستخدم الذي تريده.
- 6. قم بتنزيل التطبيق وتثبيته وتشغيله.
iCAS - نظام تجميع Illumina Clone للتشغيل في Linux عبر الإنترنت
الوصف:
لا يزال تسلسل الاستنساخ عن طريق الاستنساخ ، كوسيلة لتحقيق تجميعات عالية الجودة للجينومات الكبيرة والمعقدة ، ذا أهمية كبيرة في عصر التسلسل عالي الإنتاجية. ومع ذلك ، فإن التجميعات التي تم الحصول عليها باستخدام مجمعات الجينوم الكاملة الحالية غالبًا ما تكون مجزأة ولديها أحيانًا مشكلات في اكتمال الجينوم بسبب خصائص البيانات المختلفة التي يتم تقديمها بواسطة التسلسل متعدد الإرسال.مع iCAS ، تعتمد عملية تصفية البيانات على خوارزمية جديدة لتردد kmer ، مما ينتج عنه قراءات شبه مثالية للتجميع المسبق. يتم إنشاء Contigs باستخدام خوارزميات تجميع مختلفة ثم يتم دمجها معًا لتحقيق استمرارية أطول. إعادة محاذاة جميع القراءات إلى مسودات contigs وإعادة معايرة كل قاعدة تسلسل تحقق توافقًا نهائيًا. باستخدام النسخ النهائية لمراقبة الجودة ، يكون خط الأنابيب قادرًا على الحصول على مجموعات بتغطية استنساخ تبلغ 99.7٪ وجودة قاعدة إجماع لـ Q39.
تم تطويره في معهد ويلكوم ترست سانجر.
الجمهور
بحث علمي
لغة البرمجة
بيرل ، سي
هذا تطبيق يمكن جلبه أيضًا من https://sourceforge.net/projects/icas/. تمت استضافته في OnWorks ليتم تشغيله عبر الإنترنت بأسهل طريقة من أحد أنظمتنا التشغيلية المجانية.