এটি লিনাক্স অনলাইনে চালানোর জন্য NGSEP নামের একটি লিনাক্স অ্যাপ যার সর্বশেষ প্রকাশ NGSEPcore_4.0.1.jar হিসাবে ডাউনলোড করা যেতে পারে। এটি ওয়ার্কস্টেশনের জন্য বিনামূল্যের হোস্টিং প্রদানকারী OnWorks-এ অনলাইনে চালানো যেতে পারে।
এনজিএসইপি নামের এই অ্যাপটি অনলাইনে ডাউনলোড করুন এবং চালান যাতে বিনামূল্যে OnWorks-এর সাথে Linux-এ চালানো হয়।
এই অ্যাপটি চালানোর জন্য এই নির্দেশাবলী অনুসরণ করুন:
- 1. আপনার পিসিতে এই অ্যাপ্লিকেশনটি ডাউনলোড করুন৷
- 2. আমাদের ফাইল ম্যানেজারে প্রবেশ করুন https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX আপনি যে ইউজারনেম চান।
- 3. এই ধরনের ফাইল ম্যানেজারে এই অ্যাপ্লিকেশনটি আপলোড করুন।
- 4. এই ওয়েবসাইট থেকে OnWorks Linux অনলাইন বা Windows অনলাইন এমুলেটর বা MACOS অনলাইন এমুলেটর শুরু করুন।
- 5. OnWorks Linux OS থেকে আপনি এইমাত্র শুরু করেছেন, আমাদের ফাইল ম্যানেজারে যান https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX আপনার পছন্দের ব্যবহারকারীর নাম সহ।
- 6. অ্যাপ্লিকেশনটি ডাউনলোড করুন, এটি ইনস্টল করুন এবং এটি চালান।
স্ক্রীনশটগুলি
Ad
অনলাইনে লিনাক্সে চালানোর জন্য NGSEP
বর্ণনাঃ
NGSEP হল DNA উচ্চ থ্রুপুট সিকোয়েন্সিং ডেটা বিশ্লেষণের জন্য একটি সমন্বিত কাঠামো। NGSEP-এর প্রধান ব্যবহার হল জিনোমিক প্রকরণের বৃহৎ ডেটাসেটের নির্মাণ এবং নিম্নধারার বিশ্লেষণ। NGSEP একক নিউক্লিওটাইড ভেরিয়েন্ট (SNVs), ছোট এবং বড় ইনডেল, শর্ট টেন্ডেম রিপিটস (STRs), ইনভার্সন এবং কপি নম্বর ভেরিয়েন্ট (CNVs) এর সঠিক সনাক্তকরণ এবং জিনোটাইপিং করে। এনজিএসইপি কার্যকরী টীকা, ফিল্টারিং, বিন্যাস রূপান্তর, তুলনা, ক্লাস্টারিং, ইম্প্যুটেশন, ইন্ট্রোগ্রেশন বিশ্লেষণ এবং বিভিন্ন ধরণের পরিসংখ্যানের জন্য মডিউল সরবরাহ করে। কার্যকারিতার একটি সম্পূর্ণ তালিকা আমাদের উইকিতে উপলব্ধ (https://sourceforge.net/p/ngsep/wiki/Home/).সংবাদ: আমরা এইমাত্র সংস্করণ 4-এর প্রথম কমান্ড লাইন রিলিজটি উপলব্ধ করেছি, যার মধ্যে একটি এফএম-ইনডেক্স ভিত্তিক রিড অ্যালাইনার আমাদের নিজস্ব বাস্তবায়ন সহ। কমান্ড লাইন ব্যবহার সমগ্র অ্যাপ্লিকেশনের উপর প্রমিত ছিল. এই নতুন সংস্করণে আপগ্রেড করতে স্ক্রিপ্ট আপডেট করার জন্য অনুগ্রহ করে সময় নিন। আরও বিস্তারিত উইকিতে পাওয়া যায়।
বৈশিষ্ট্য
- SNPs, CNVs এবং স্ট্রাকচারাল ভেরিয়েন্ট সনাক্তকরণ
- রেফারেন্স জিনোমে কাঁচা পাঠের প্রান্তিককরণ
- VCF ম্যানিপুলেশন: কার্যকরী টীকা, একত্রীকরণ, ফিল্টার, তুলনা, বিন্যাস রূপান্তর, অভিযোজন
- SAM/BAM এবং VCF পরিসংখ্যান গণনা এবং প্লটিং
- Demultiplexing পড়ে
- টীকা জিনোম সমাবেশের প্রান্তিককরণ
- GFF3 ফরম্যাটে ট্রান্সক্রিপ্টোম অ্যানপটেশনে পরিসংখ্যান এবং ফিল্টারিং
পাঠকবর্গ
স্বাস্থ্যসেবা শিল্প, বিজ্ঞান/গবেষণা, অন্যান্য শ্রোতা, কৃষি
ব্যবহারকারী ইন্টারফেস
জাভা SWT, কনসোল/টার্মিনাল, Eclipse
প্রোগ্রামিং ভাষা
জাভা
এটি এমন একটি অ্যাপ্লিকেশন যা https://sourceforge.net/projects/ngsep/ থেকেও আনা যেতে পারে। আমাদের বিনামূল্যের অপারেটিভ সিস্টেমগুলির মধ্যে একটি থেকে সবচেয়ে সহজ উপায়ে অনলাইনে চালানোর জন্য এটি OnWorks-এ হোস্ট করা হয়েছে।
