এটি হল আইসিএএস নামের একটি লিনাক্স অ্যাপ - লিনাক্সে অনলাইনে চালানোর জন্য একটি ইলুমিনা ক্লোন অ্যাসেম্বলি সিস্টেম যার সর্বশেষ রিলিজটি icas_v062.tar.bz2 হিসাবে ডাউনলোড করা যেতে পারে। এটি ওয়ার্কস্টেশনের জন্য বিনামূল্যের হোস্টিং প্রদানকারী OnWorks-এ অনলাইনে চালানো যেতে পারে।
ডাউনলোড করুন এবং অনলাইনে চালান iCAS নামের এই অ্যাপটি - একটি ইলুমিনা ক্লোন অ্যাসেম্বলি সিস্টেম যা অনলাইনে অনওয়ার্কসের সাথে বিনামূল্যে চালানোর জন্য।
এই অ্যাপটি চালানোর জন্য এই নির্দেশাবলী অনুসরণ করুন:
- 1. আপনার পিসিতে এই অ্যাপ্লিকেশনটি ডাউনলোড করুন৷
- 2. আমাদের ফাইল ম্যানেজারে প্রবেশ করুন https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX আপনি যে ইউজারনেম চান।
- 3. এই ধরনের ফাইল ম্যানেজারে এই অ্যাপ্লিকেশনটি আপলোড করুন।
- 4. এই ওয়েবসাইট থেকে OnWorks Linux অনলাইন বা Windows অনলাইন এমুলেটর বা MACOS অনলাইন এমুলেটর শুরু করুন।
- 5. OnWorks Linux OS থেকে আপনি এইমাত্র শুরু করেছেন, আমাদের ফাইল ম্যানেজারে যান https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX আপনার পছন্দের ব্যবহারকারীর নাম সহ।
- 6. অ্যাপ্লিকেশনটি ডাউনলোড করুন, এটি ইনস্টল করুন এবং এটি চালান।
iCAS - অনলাইনে লিনাক্সে চালানোর জন্য একটি ইলুমিনা ক্লোন অ্যাসেম্বলি সিস্টেম
বর্ণনাঃ
ক্লোন-বাই-ক্লোন সিকোয়েন্সিং, বড় এবং জটিল জিনোমের জন্য উচ্চ মানের সমাবেশ অর্জনের উপায় হিসাবে, উচ্চ থ্রুপুট সিকোয়েন্সিংয়ের যুগে অত্যন্ত প্রাসঙ্গিকতা অব্যাহত রয়েছে। যাইহোক, বর্তমান পুরো জিনোম অ্যাসেম্বলার ব্যবহার করে প্রাপ্ত অ্যাসেম্বলিগুলি প্রায়শই খণ্ডিত হয় এবং কখনও কখনও মাল্টিপ্লেক্সড সিকোয়েন্সিং দ্বারা প্রবর্তিত বিভিন্ন ডেটা বৈশিষ্ট্যের কারণে জিনোমের সম্পূর্ণতার সমস্যা থাকে।আইসিএএস-এর সাথে ডেটা ফিল্টারিং প্রক্রিয়াটি একটি নভেল কিমার ফ্রিকোয়েন্সি অ্যালগরিদমের উপর ভিত্তি করে তৈরি হয়, যার ফলে প্রায় নিখুঁত প্রাক-সমাবেশের পাঠ পাওয়া যায়। বিভিন্ন অ্যাসেম্বলি অ্যালগরিদম ব্যবহার করে কন্টিগ তৈরি করা হয় এবং তারপর দীর্ঘ ধারাবাহিকতা অর্জনের জন্য একত্রিত করা হয়। খসড়া কনটিগগুলিতে সমস্ত পাঠগুলিকে পুনরায় সারিবদ্ধ করা এবং প্রতিটি সিকোয়েন্স বেস পুনরায় ক্যালিব্রেট করা একটি চূড়ান্ত ঐক্যমত্য অর্জন করে। QC-এর জন্য সমাপ্ত ক্লোন ব্যবহার করে, পাইপলাইনটি 99.7% ক্লোন কভারেজ এবং Q39-এর সর্বসম্মত বেস গুণমান সহ সমাবেশগুলি পেতে সক্ষম।
ওয়েলকাম ট্রাস্ট সাঙ্গার ইনস্টিটিউটে বিকাশ করা হয়েছে।
পাঠকবর্গ
বিজ্ঞান/গবেষণা
প্রোগ্রামিং ভাষা
পার্ল, সি
এটি একটি অ্যাপ্লিকেশন যা https://sourceforge.net/projects/icas/ থেকেও আনা যেতে পারে। আমাদের বিনামূল্যের অপারেটিভ সিস্টেমগুলির মধ্যে একটি থেকে সবচেয়ে সহজ উপায়ে অনলাইনে চালানোর জন্য এটি OnWorks-এ হোস্ট করা হয়েছে।