Dies ist die Befehlsfamap, die beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
famap – Bereiten Sie die Fasta-Sequenzdatenbank für Re-PCR-Suchen vor
ZUSAMMENFASSUNG
famap [-hV] -b mmapped-file [-t cvt] [fafile ...]
famap [-hV] -d mmapped-file [ord ...]
famap [-hV] -l mmapped-file [ord ...]
BESCHREIBUNG
Das Programm famap ist Teil der e-PCR-Suite und wird zum Erstellen einer mmapped-Datei aus FASTA verwendet
Dateien für Reverse-e-PCR-Suchen
OPTIONAL
Dabei ist cvt (Konvertierungstabelle) einer von:
aus – wie es ist (Standard)
n – Nukleotid [acgtnACGTN] erlaubt,
N – Nukleotid-Großbuchstaben erlaubt [ACGTN]
nx – Nukleotid mit zulässigen Mehrdeutigkeitscodes
NX – Nukleotid mit Mehrdeutigkeitscodes in Großbuchstaben
BEISPIEL
famap -tN -b genom.famap org/chr_*.fa
fahash -b genom.hash -w 12 -f3 ${PWD}/genome.famap
re-PCR -s genom.hash -n1 -g1 ACTATTGATGATGA AGGTAGATGTTTTT 120-200
Weitere Informationen finden Sie auch in den famap(1) und Neu-PCR(1)
Nutzen Sie famap online über die Dienste von onworks.net