gmx-msd – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

gmx-msd – Berechnet mittlere quadratische Verschiebungen

ZUSAMMENFASSUNG

gmx msd [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-Mol [<.xvg>]] [-pdb [<.pdb>]] [-b ]
[-e ] [-Sie ] [-[jetzt] [-xvg ]
[-Art ] [-seitlich ] [-[keine zehn] [-ngroup ]
[-[nein]mw] [-[no]rmcomm] [-tpdb ] [-Neustart ]
[-Beginfit ] [-Endfit ]

BESCHREIBUNG

gmx msd berechnet die mittlere quadratische Verschiebung (MSD) von Atomen aus einer Reihe von Anfangswerten
Positionen. Dies bietet eine einfache Möglichkeit, die Diffusionskonstante mit Einstein zu berechnen
Beziehung. Die Zeit zwischen den Referenzpunkten für die MSD-Berechnung wird mit eingestellt
-Neustart. Die Diffusionskonstante wird durch die Anpassung einer geraden Linie nach der Methode der kleinsten Quadrate berechnet
(D*t + c) durch den MSD(t) von -Beginfit zu -Endfit (Beachten Sie, dass t die Zeit ab dem ist
Referenzpositionen, nicht Simulationszeit). Es wird eine Fehlerschätzung angegeben, nämlich die
Differenz der Diffusionskoeffizienten, die aus Anpassungen über die beiden Hälften der Anpassung erhalten wurden
Intervall.

Es gibt drei sich gegenseitig ausschließende Optionen, um verschiedene Arten des mittleren Quadrats zu bestimmen
Verschiebung: -Art, -seitlich und -zehn. Möglichkeit -zehn schreibt jeweils den vollständigen MSD-Tensor
Gruppe, die Reihenfolge in der Ausgabe ist: Trace xx yy zz yx zx zy.

If -Mol eingestellt ist, gmx msd stellt die MSD für einzelne Moleküle dar (einschließlich der Herstellung von Molekülen).
Ganzheit über periodische Grenzen hinweg): Für jedes einzelne Molekül gilt eine Diffusionskonstante
für seinen Massenschwerpunkt berechnet. Die ausgewählte Indexgruppe wird in Moleküle aufgespalten.

Die Standardmethode zur Berechnung eines MSD ist die Verwendung massengewichteter Durchschnittswerte. Dieser kann gedreht werden
aus mit -jetzt.

Mit der Option -rmcomm, kann der Schwerpunkt der Massenbewegung einer bestimmten Gruppe entfernt werden. Für
Bei mit GROMACS erstellten Flugbahnen ist dies in der Regel nicht erforderlich, da gmx mdrun gewöhnlich
entfernt bereits den Schwerpunkt der Massenbewegung. Wenn Sie diese Option verwenden, stellen Sie sicher, dass die
Das gesamte System wird in der Trajektoriendatei gespeichert.

Der Diffusionskoeffizient wird durch lineare Regression der MSD bestimmt, wobei im Gegensatz zu
Bei der normalen Ausgabe von D werden die Zeiten entsprechend der Anzahl der Referenzen gewichtet
Punkte, dh kurze Zeiten haben ein höheres Gewicht. Auch wann -beginfit``=-1,passend beginnt at
10% und wann ``-endfit``=-1, passend zu geht zu 90%. Die richtigen fehlen uns die Worte. ganz ohne irgendetwas tun oder drücken zu müssen. dank One ebenfalls bekommt an
genau Fehler schätzen basierend on die Statistiken zwischen individuelle Moleküle. Hinweis zur Abwicklung, Integrierung, Speicherung und
fehlen uns die Worte. Rundfunk Koeffizient und Fehler schätzen sind einzige genau wann die MSD is uneingeschränkt
linear zwischen ``-beginfit und -Endfit.

Option -pdb schreibt a .pdb Datei mit den Koordinaten des Frames zu diesem Zeitpunkt -tpdb innerhalb der
Das B-Faktor-Feld ist die Quadratwurzel des Diffusionskoeffizienten des Moleküls. Diese Option
impliziert Option -Mol.

OPTIONAL

Optionen zum Angeben von Eingabedateien:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Flugbahn: xtc trr cpt gro g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Struktur+Masse(db): tpr gro g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Optional)
Indexdatei

Optionen zum Angeben von Ausgabedateien:

-o [<.xvg>] (msd.xvg)
xvgr/xmgr-Datei

-Mol [<.xvg>] (diff_mol.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei

-pdb [<.pdb>] (diff_mol.pdb) (Optional)
Proteindatenbankdatei

Andere Optionen:

-b (0)
Erster Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll

-e (0)
Letzter Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll

-Sie (ps)
Einheit für Zeitwerte: fs, ps, ns, us, ms, s

-[jetzt (Nein)
Ausgabe ansehen .xvg, .xpm, .eps und .pdb Dateien

-xvg
xvg-Plotformatierung: xmgrace, xmgr, none

-Art (Nein)
Berechnen Sie den Diffusionskoeffizienten in einer Richtung: nein, x, y, z

-seitlich (Nein)
Berechnen Sie die seitliche Diffusion in einer Ebene senkrecht zu: no, x, y, z

-[keine zehn (Nein)
Berechnen Sie den vollständigen Tensor

-ngroup (1)
Anzahl der Gruppen, für die MSD berechnet werden soll

-[nein]mw (Ja)
Massengewichteter MSD

-[no]rmcomm (Nein)
Bewegungsschwerpunkt entfernen

-tpdb (0)
Der für die Option zu verwendende Rahmen -pdb (ps)

-Neustart (10)
Zeit zwischen Neustartpunkten in der Flugbahn (ps)

-Beginfit (-1)
Startzeit für die Anpassung des MSD (ps), -1 ist 10 %

-Endfit (-1)
Endzeit für die Anpassung des MSD (ps), -1 ist 90 %

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