gmx-nmeig – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

gmx-nmeig – Diagonalisieren Sie den Hesse-Wert für die Normalmodusanalyse

ZUSAMMENFASSUNG

gmx nmeig [-f [<.mtx>]] [-s [<.tpr>]] [-oder [<.xvg>]] [-ol [<.xvg>]]
[-Knochen [<.xvg>]] [-qc [<.xvg>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-xvg ] [-[nein]m] [-zuerst ] [-letzte ]
[-maxspec ] [-T ] [-[no]constr] [-Breite ]

BESCHREIBUNG

gmx nmeig berechnet die Eigenvektoren/Werte einer (hessischen) Matrix, die sein kann
berechnet mit gmx mdrun. Die Eigenvektoren werden in eine Trajektoriendatei geschrieben (-v). Die
Die Struktur wird zuerst mit t=0 geschrieben. Die Eigenvektoren werden als Rahmen mit geschrieben
Eigenvektornummer als Zeitstempel. Die Eigenvektoren können mit analysiert werden gmx anäigEine
Aus den Eigenvektoren kann mit ein Ensemble von Strukturen erzeugt werden gmx nmens. Wenn Masse
Bei Verwendung der Gewichtung werden die erzeugten Eigenvektoren auf den einfachen kartesischen Wert zurückskaliert
Koordinaten vor der Generierung der Ausgabe. In diesem Fall werden sie nicht mehr genau sein
orthogonal in der kartesischen Standardnorm, in der massengewichteten Norm wären sie es jedoch.

Dieses Programm kann optional zur Berechnung von Quantenkorrekturen der Wärmekapazität und verwendet werden
Enthalpie durch Bereitstellung eines zusätzlichen Dateiarguments -qcorr. Siehe das GROMACS-Handbuch, Kapitel 1,
für Details. Das Ergebnis beinhaltet die Subtraktion eines harmonischen Freiheitsgrades vom gegebenen Wert
Temperatur. Die Gesamtkorrektur wird auf dem Terminalbildschirm ausgedruckt. Der empfohlene Weg
Um die Korrekturen herauszubekommen, ist:

gmx nmeig -s topol.tpr -f nm.mtx -zuerst 7 -letzte 10000 -T 300 -qc [-constr]

Die -konstr Die Option sollte verwendet werden, wenn während der Simulation Bindungsbeschränkungen verwendet wurden
für alle die kovalent Bande. Ist dies nicht der Fall, müssen Sie das analysieren
quant_corr.xvg Datei selbst.

Um die Flexibilität zu erhöhen, kann das Programm auch virtuelle Standorte berücksichtigen
Berechnung von Quantenkorrekturen. Bei der Auswahl -konstr und -qcden -beginnen und -Ende Optionen
wird ebenfalls automatisch eingestellt. Auch hier: Wenn Sie glauben, dass Sie es besser wissen, überprüfen Sie es bitte
die eigenfreq.xvg Ausgabe.

OPTIONAL

Optionen zum Angeben von Eingabedateien:

-f [<.mtx>] (hessisch.mtx)
Hessische Matrix

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Tragbare xdr-Eingabedatei ausführen

Optionen zum Angeben von Ausgabedateien:

-oder [<.xvg>] (eigenfreq.xvg)
xvgr/xmgr-Datei

-ol [<.xvg>] (eigenval.xvg)
xvgr/xmgr-Datei

-Knochen [<.xvg>] (Spektrum.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei

-qc [<.xvg>] (quant_corr.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei

-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
Flugbahn mit voller Präzision: trr cpt tng

Andere Optionen:

-xvg
xvg-Plotformatierung: xmgrace, xmgr, none

-[nein]m (Ja)
Teilen Sie Elemente des Hessischen durch das Produkt von sqrt(Masse) der beteiligten Atome vor
Diagonalisierung. Dies sollte für die Analyse der „Normalmodi“ verwendet werden

-zuerst (1)
Erster Eigenvektor zum Wegschreiben

-letzte (50)
Letzter Eigenvektor zum Wegschreiben

-maxspec (4000)
Höchste im Spektrum zu berücksichtigende Frequenz (1/cm).

-T (298.15)
Temperatur zur Berechnung der Quantenwärmekapazität und -enthalpie im Normalmodus
Berechnungen zur Korrektur klassischer Simulationen

-[no]constr (Nein)
Wenn in der Simulation Einschränkungen verwendet wurden, in der Normalmodusanalyse jedoch nicht
(Dies ist die empfohlene Vorgehensweise.) Sie müssen dies für die Berechnung festlegen
die Quantenkorrekturen.

-Breite (1)
Breite (Sigma) der Gaußschen Peaks (1/cm) bei der Erzeugung eines Spektrums

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