Dies ist der Befehl mirabait, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
mirabait – Lesevorgänge aus einer Lesesammlung auswählen
ZUSAMMENFASSUNG
Mirabait [-f ] [-t [-T ...]] [-iklor] Baitfile-Infile
BESCHREIBUNG
Mirabait wählt Lesevorgänge aus einer Lesesammlung aus, die teilweise ähnlich oder gleich sind
Sequenzen, die als Zielköder definiert sind. Ähnlichkeit wird durch die Suche nach einem vom Benutzer einstellbaren Wert definiert
Anzahl gemeinsamer k-mere (Sequenzen von k aufeinanderfolgenden Basen), die im Köder gleich sind
Sequenzen und die gerasterten Sequenzen, die entweder vorwärts oder rückwärts ausgewählt werden sollen
Komplementrichtung.
OPTIONAL
-f
Laden Sie diese Art von Projektdateien, wobei fromtype ist:
CAF-Sequenzen aus CAF
MAF-Sequenzen von MAF
PhD-Sequenzen von einem PHD
gbf-Sequenzen aus einem GBF
Fasta-Sequenzen aus einem FASTA
Fastq-Sequenzen aus einem FASTQ
-t
Schreiben Sie die Sequenzen in diesen Typ (mehrere Erwähnungen von -t sind erlaubt):
Fasta-Sequenzen zu FASTA
Fastq-Sequenzen zu FASTQ
caf-Sequenzen zu CAF
MAF-Sequenzen zu MAF
TXT-Sequenznamen in eine Textdatei umwandeln
-k k-mer, Länge des Köders in Basen (<32, Standard=31)
-n Mindest. Anzahl der benötigten K-Mer-Köder (Standard = 1)
-i Inverser Treffer: Schreibt nur Sequenzen, die keinen Köder treffen
-r Keine Überprüfung der Umkehrkomplementrichtung
-o fastq Qualität Offset (nur für -f = 'fastq') Offset von Qualitätswerten in FASTQ
Datei. Standard: 33 Bei einem Wert von 0 wird versucht, automatisch zu erkennen.
-f
Laden Sie diese Art von Projektdateien, wobei fromtype ist:
CAF-Sequenzen aus CAF
MAF-Sequenzen von MAF
PhD-Sequenzen von einem PHD
gbf-Sequenzen aus einem GBF
Fasta-Sequenzen aus einem FASTA
Fastq-Sequenzen aus einem FASTQ
-t
Schreiben Sie die Sequenzen in diesen Typ (mehrere Erwähnungen von -t sind erlaubt):
Fasta-Sequenzen zu FASTA
Fastq-Sequenzen zu FASTQ
caf-Sequenzen zu CAF
MAF-Sequenzen zu MAF
TXT-Sequenznamen in eine Textdatei umwandeln
-k k-mer, Länge des Köders in Basen (<32, Standard=31)
-n Mindest. Anzahl der benötigten K-Mer-Köder (Standard = 1)
-i Inverser Treffer: Schreibt nur Sequenzen, die keinen Köder treffen
-r Keine Überprüfung der Umkehrkomplementrichtung
-o fastq Qualität Offset (nur für -f = 'fastq') Offset von Qualitätswerten in FASTQ
Datei. Standard: 33 Bei einem Wert von 0 wird versucht, automatisch zu erkennen.
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