Dies ist der Befehl njplot, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
njplot - Ein phylogenetisches Baumzeichenprogramm für Biologen newicktops - draw phylogenetic
Bäume in PostScript-Datei
ZUSAMMENFASSUNG
njplot [Optionen] Baumdatei
Newicktops [Optionen] Baumdatei
newicktotxt [Optionen] Baumdatei
BESCHREIBUNG
Diese Handbuchseite dokumentiert kurz die njplot Befehl.
Der Newicktops Befehl macht genau das gleiche, benötigt aber keine X11-Anzeige. Die Ausgabe ist
in eine PostScript-Datei gerendert.
Der newicktotxt Befehl macht genau dasselbe wie Newicktops aber die Ausgabe wird gerendert
in eine Textdatei.
Diese Handbuchseite wurde für die Debian GNU/Linux-Distribution neu geschrieben, weil das Original
Programm hat keine Handbuchseite.
njplot ist ein Baumzeichnungsprogramm, das jeden binären oder mehrfach verzweigten Baum zeichnen kann
im standardmäßigen phylogenetischen Baumformat (z. B. dem Format, das vom PHYLIP-Paket verwendet wird).
NJplot ist besonders praktisch zum Verwurzeln der unbewurzelten Bäume, die aus Sparsamkeit gewonnen werden,
Entfernungs- oder Maximum-Likelihood-Baumbildungsmethoden.
Jede Wurzelbildung des nicht gerooteten Baums kann interaktiv mit der Maus angegeben werden. NJplot
ermöglicht auch Zoomen, Branch Swapping, Anzeige von Bootstrap-Scores und Speichern im
PostScript-Format. NJplot kann daher als grafische Erweiterung jedes Pakets verwendet werden
eines phylogenetischen Programms, das das Standardbaumformat zum Speichern von Bäumen verwendet (dh
bei den meisten solchen Paketen).
OPTIONAL
Es gibt nur die folgenden Optionen, die nur in einem x-Terminal-Emulator funktionieren, aber nicht in
Konsolenmodus:
-h Druckt eine kurze Hilfe aus.
-uns Postscript-Baumdatei für das Papierformat US Letter vorbereitet.
-psonly
Keine Fensteroberfläche, schreiben Sie einfach die PostScript-Baumdatei.
-Größe n
Schriftgröße n für Taxonnamen.
-pc n Anzahl der Seiten für die PostScript-Ausgabe.
-pGröße Breite x Höhe
Größe der PostScript-Seite, ausgedrückt als WIDTHxHEIGHT.
-Längen
Verzweigungslängen anzeigen, wenn sie in der Baumdatei erscheinen.
-Stiefel Bootstrap-Werte anzeigen, wenn sie in der Baumdatei erscheinen.
-kein Titel
Fügen Sie keinen Titel in die PostScript-Ausgabe ein.
Verwenden Sie njplot online über die Dienste von onworks.net