Dies ist die Linux-App namens NGSEP, die unter Linux online ausgeführt werden kann und deren neueste Version als NGSEPcore_4.0.1.jar heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens NGSEP herunter und führen Sie sie online aus, um sie unter Linux online mit OnWorks kostenlos auszuführen.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
SCREENSHOTS
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NGSEP soll online unter Linux ausgeführt werden
BESCHREIBUNG
NGSEP ist ein integriertes Framework für die Analyse von DNA-Sequenzierungsdaten mit hohem Durchsatz. Die Hauptanwendung von NGSEP ist die Konstruktion und nachgelagerte Analyse großer Datensätze genomischer Variation. NGSEP führt eine genaue Detektion und Genotypisierung von Single Nucleotid Variants (SNVs), kleinen und großen Indels, Short Tandem Repeats (STRs), Inversionen und Copy Number Variants (CNVs) durch. NGSEP bietet auch Module für funktionale Annotation, Filterung, Formatkonvertierung, Vergleich, Clustering, Imputation, Introgressionsanalyse und verschiedene Arten von Statistiken. Eine vollständige Liste der Funktionalitäten finden Sie in unserem Wiki (https://sourceforge.net/p/ngsep/wiki/Home/).NEWS: Wir haben gerade das erste Kommandozeilen-Release von Version 4 zur Verfügung gestellt, einschließlich unserer eigenen Implementierung eines FM-Index-basierten Reads-Aligners. Die Verwendung der Kommandozeile wurde über die gesamte Anwendung vereinheitlicht. Bitte nehmen Sie sich die Zeit, die Skripte zu aktualisieren, um auf diese neue Version zu aktualisieren. Weitere Details finden Sie im Wiki.
Eigenschaften
- Erkennung von SNPs, CNVs und Strukturvarianten
- Alignment von Raw-Reads zu einem Referenzgenom
- VCF-Manipulation: funktionale Annotation, Zusammenführen, Filtern, Vergleichen, Formatkonvertierung, Imputation
- Berechnung und Darstellung von SAM/BAM- und VCF-Statistiken
- Liest Demultiplexing
- Ausrichtung von annotierten Genom-Assemblies
- Statistik und Filterung von Transkriptom-Anmerkungen im GFF3-Format
Publikum
Gesundheitswirtschaft, Wissenschaft/Forschung, Sonstiges Publikum, Landwirtschaft
Benutzeroberfläche
Java SWT, Konsole/Terminal, Eclipse
Programmiersprache
Javac
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/ngsep/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um auf einfachste Weise online von einem unserer kostenlosen Betriebssysteme ausgeführt zu werden.
