abyss-pe - Online en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

abyss-pe - ensamblar lecturas en contigs

SINOPSIS

abismo-pe [OPCIÓN] ... [PARÁMETRO=VALOR] ... [MAKE_TARGET] ...

DESCRIPCIÓN

Reúna las lecturas de los archivos de entrada en contigs. Las lecturas pueden estar en FASTA, FASTQ,
qseq, export, SRA, SAM o BAM y puede estar comprimido con gz, bz2 o xz y puede ser
alquitranado.

abyss-pe es un script Makefile. También se puede usar cualquier opción de marca con abyss-pe.

parámetros of abismo-pe
nombre , NOMBRE DEL TRABAJO
El nombre de esta asamblea. Los andamios resultantes se almacenarán en
$ {nombre} -scaffolds.fa.

in archivos de entrada. Utilice esta variable al ensamblar datos de una sola biblioteca.

lib una lista citada de nombres de bibliotecas de extremos emparejados separados por espacios en blanco. Usa esta variable
al ensamblar datos de varias bibliotecas de extremos emparejados. Para cada nombre de biblioteca en
lib, el usuario debe definir una variable en la línea de comando con el mismo nombre, que
indica los archivos leídos para esa biblioteca. Ver EJEMPLOS abajo para un concreto
ejemplo de uso.

pe lista de bibliotecas de extremos emparejados que se usarán solo para fusionar unitigs en
contigs y no contribuirá a la secuencia de consenso.

mp lista de bibliotecas de pares de parejas que se utilizarán para el andamiaje. Bibliotecas de pares de parejas
no contribuyen a la secuencia de consenso.

Corto lista de bibliotecas de secuencia larga que se utilizarán para reestructurar. secuencia larga
las bibliotecas no contribuyen a la secuencia de consenso.

se archivos que contienen lecturas de un solo extremo

a número máximo de ramas de una burbuja [2]

b longitud máxima de una burbuja (pb) [10000]

c cobertura mínima media de k-mer de un unitig [sqrt(mediana)]

d error admisible de una estimación de distancia (pb) [6]

e cobertura mínima de erosión k-mer [sqrt(mediana)]

E cobertura mínima de erosión k-mer por hebra [1]

j número de subprocesos [2]

k tamaño de un k-mer (cuando K no está establecido) o el intervalo de un par k-mer (cuando K está establecido)

K tamaño de un solo k-mer en un par k-mer (bp)

l longitud mínima de alineación de una lectura (bp) [k]

m superposición mínima de dos unitigs (pb) [30]

n número mínimo de pares necesarios para construir contigs [10]

N número mínimo de pares necesarios para construir andamios [n]

p identidad de secuencia mínima de una burbuja [0.9]

q calidad de base mínima al recortar [3]
Recorte las bases de los extremos de las lecturas cuya calidad sea menor q.

Q calidad base mínima [0]
Enmascare todas las bases de lecturas cuya calidad sea menor que Q como 'N'.

s tamaño mínimo de unitig requerido para construir contigs (bp) [200]
La longitud de la semilla debe ser al menos el doble del valor de k. Si hay más secuencia
ensamblados que el tamaño del genoma esperado, intente aumentar s.

S tamaño mínimo de contig requerido para construir andamios (bp) [s]

SS SS = - SS para ensamblar en modo específico de hebra
Requiere que todas las bibliotecas sean bibliotecas de RNA-Seq específicas de cadena. Asume que
la primera lectura en un par de lecturas es reverenciada WRT las transcripciones secuenciadas.

t tamaño mínimo de la punta (pb) [2k]

v v = -v para habilitar el registro detallado

np, NSLOTS
el número de procesos de un montaje MPI

mpirún el camino a mpirun

alinear
El programa que se utilizará para alinear las lecturas con los contigs [mapa].
Los valores permitidos son: map, kaligner, bwa, bwasw, bowtie, bowtie2, dida. Ver el
DIDA sección a continuación para obtener más información sobre la opción dida.

cs convertir contigs de espacio de color en contigs de nucleótidos después del ensamblaje

Opciones of para lograr
-n, - corrida en seco
Imprima los comandos que se ejecutarían, pero no los ejecute.

Haz tiene como objetivo para abismo-pe
tu préstamo estudiantil
Equivalente a 'scaffolds scaffolds-dot stats'.

unidades
Ensamblar unitigs.

unitigs-punto
Genere el gráfico de superposición de unitig.

pe-sam Asigne lecturas de extremo emparejado a los unitigs y genere un archivo SAM. El archivo SAM solo
contienen la asignación de lecturas a diferentes contigs, y la identificación, secuencia y calidad de lectura
las cadenas se reemplazarán con caracteres '*'.

pe-bam Asigne lecturas de extremo emparejado a unitigs y genere un archivo BAM. El archivo BAM solo
contienen la asignación de lecturas a diferentes contigs, y la identificación, secuencia y calidad de lectura
las cadenas se reemplazarán con caracteres '*'.

pe-índice
Genere un índice de los unitigs usados ​​por abyss-map.

contigios
Ensamblar contigs.

contigs-punto
Genere el gráfico de superposición de contig.

mp-sam Map mate-pair lee los contigs y genera un archivo SAM. El archivo SAM solo
contienen la asignación de lecturas a diferentes contigs, y la identificación, secuencia y calidad de lectura
las cadenas se reemplazarán con caracteres '*'.

mp-bam Map mate-pair lee los contigs y genera un archivo BAM. El archivo BAM solo
contienen la asignación de lecturas a diferentes contigs, y la identificación, secuencia y calidad de lectura
las cadenas se reemplazarán con caracteres '*'.

mp-índice
Genere un índice de los contigs usados ​​por abyss-map.

andamios
Monta andamios.

andamios-punto
Genere el gráfico de superposición de andamios.

andamios
Romper andamios y generar archivo AGP.

andamios largos
Vuelva a anclar utilizando contigs ensamblados de RNA-Seq.

punto-largo-andamio
Genere el gráfico de superposición de andamio de ARN.

estadísticas Mostrar estadísticas de contigüidad de ensamblajes.

limpia Elimina archivos intermedios.

versión
Muestra la versión de abyss-pe.

versiones
Muestra las versiones de todos los programas utilizados por abyss-pe.

ayuda Muestre un mensaje útil.

DIDA

ABySS admite el uso de DIDA (alineación distribuida de indexación distribuida), una
marco de alineación para calcular alineaciones de secuencia en múltiples máquinas. Usar
DIDA con ABySS, primero descargue e instale DIDA desde
http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/dida, luego especifique `dida` como el valor de
las alinear parámetro para abismo-pe.

Relacionado con DIDA abismo-pe parámetros
DIDA_MPIRUN
El comando `mpirun` utilizado para ejecutar trabajos DIDA.

DIDA_RUN_OPCIONES
Opciones de tiempo de ejecución, como la cantidad de subprocesos por rango de MPI y valores para el entorno
variables (por ejemplo, PATH, LD_LIBRARY_PATH). Ejecute `abyss-dida --help` para obtener una lista de
Opciones Disponibles.

DIDA_OPCIONES
Opciones que se pasan directamente al binario DIDA. Por ejemplo, esto se puede utilizar
para controlar el umbral de longitud de alineación mínima. Ejecute `dida-wrapper --help` para un
lista de opciones disponibles.

MPI COMPATIBILIDAD
Debido a su uso de subprocesos múltiples, DIDA ha conocido problemas de interbloqueo con OpenMPI. Utilizando
Se recomienda encarecidamente la biblioteca MPICH MPI cuando se ejecutan ensamblajes con DIDA. Pruebas
se hizo con MPICH 3.1.3, compilado con --enable-threads = funneled.

EJEMPLO
La configuración de tiempo de ejecución recomendada para DIDA es 1 rango MPI por máquina y 1 hilo por
Núcleo de CPU. Por ejemplo, para ejecutar un ensamblado en 3 nodos de clúster con 12 núcleos cada uno, haga lo siguiente:

abyss-pe k = 64 nombre = ecoli in = 'reads1.fa reads2.fa' aligner = dida
DIDA_RUN_OPTIONS = '- j12' DIDA_MPIRUN = 'mpirun -np 3 -ppn 1 -bind-to board'

Este ejemplo usa las opciones de línea de comando MPICH para `mpirun`. Aquí, `-np 3` indica
el número de rangos de MPI, `-ppn 1` indica el número de rangos de MPI por" nodo ", y
`-bind-to board` define un" nodo "como una placa base (es decir, una máquina completa).

MEDIO AMBIENTE VARIABLES

Cualquier parámetro que pueda especificarse en la línea de comando también puede especificarse en un
Variable ambiental.

TRAYECTORIA debe contener el directorio donde están instalados los ejecutables ABySS. Utilice `abyss-
pe versiones` para comprobar que PATH está configurado correctamente.

TMPDIR especifica un directorio para usar con archivos temporales

Programador integración
ABySS se integra bien con los programadores de trabajos de clúster, como:
* SGE (motor de cuadrícula solar)
* Sistema de lotes portátil (PBS)
* Instalación de carga compartida (LSF)
* Nivelador de carga de IBM

Las variables de entorno de SGE JOB_NAME, SGE_TASK_ID y NSLOTS se pueden utilizar para especificar
nombre de los parámetros, k y np, respectivamente, y de manera similar para otros programadores.

EJEMPLOS

Un extremo emparejado bibliotecas
abyss-pe k = 64 nombre = ecoli in = 'reads1.fa reads2.fa'

Múltiple extremo emparejado bibliotecas
abyss-pe k = 64 nombre = ecoli lib = 'lib1 lib2'
lib1='lib1_1.fa lib1_2.fa' lib2='lib2_1.fa lib2_2.fa'
se = 'se1.fa se2.fa'

Extremo emparejado y pareja-pareja bibliotecas
abyss-pe k = 64 nombre = ecoli lib = 'pe1 pe2' mp = 'mp1 mp2'
pe1='pe1_1.fa pe1_2.fa' pe2='pe2_1.fa pe2_2.fa'
mp1='mp1_1.fa mp1_2.fa' mp2='mp2_1.fa mp2_2.fa'
se = 'se1.fa se2.fa'

Incluye secuencia de ARN asambleas
abyss-pe k = 64 nombre = ecoli lib = pe1 mp = mp1 long = long1
pe1='pe1_1.fa pe1_2.fa' mp1='mp1_1.fa mp1_2.fa'
long1 = long1.fa

MPI
abyss-pe np = 8 k = 64 nombre = ecoli in = 'reads1.fa reads2.fa'

SGE
qsub -N ecoli -t 64 -pe openmpi 8
abyss-pe n = 10 in = 'reads1.fa reads2.fa'

Use abyss-pe en línea usando los servicios de onworks.net